Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
BİYOİNFORMATİK Üçüncü Düzey TBT 511 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Yok
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Yok
Dersin Veriliş Şekli Yüz yüze
Dersin Amacı Bu dersin amacı, öğrencilerin biyoenformatik alanına hızla ulaşmalarına yardımcı olmak ve kendi araştırma alanlarındaki problemleri çözmek için biyoenformatik araçları kullanabilmelerini sağlamaktır.
Dersin Tanımı Biyoinformatik dersi biyoinformatikte kullanılan en önemli ve temel kavramları, yöntemleri ve araçları tanıtmak üzere tasarlanmıştır. Bu ders biyolojik bilimlerde yeni ve hızla gelişen biyoinformatik alanına titiz, disiplinler arası bir yaklaşım sağlamaktadır. Ayrıca biyolojik veriler, genom evrimi ve varyasyonları ve biyolojik veri tabanlarının düzenlenmesi, analizi, karşılaştırılması ve anatasyonunda faydalı bilgiler sunacaktır.

Dersin İçeriği
1 Biyoinformatikte kullanılan en önemli ve temel kavramlar, yöntemler ve araçlara giiriş
2 Nükleotid dizi veritabanlarına giriş
3 Protein dizi veritabanları
4 Sanger ve yeni nesil sekanslama teknolojileri
5 Pairwise sekans alignment ve veritabanı araması
6 Patern, Profil ve Multiple sekans alignment ve algoritmalar
7 Örnek çalışma
8 Ara Sınav
9 Veri tabanına sekans veri girişi
10 Genom varyasyon ve evrim araştırmaları
11 Biyolojik dizilerin anatasyonu
12 Filogenetik ve filogenomik analizler
13 Gen ifadesi ve DNA mikroarrayler
14 Örnek çalışma
15 Örnek çalışma
16 Final Sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Öğrenciler genom biyoinformatik araçlarını kullanabilecektir.
2 Öğrenciler genom biyoinformatikde kullanılan en önemli ve temel kavram, yöntem ve araçları anlayacaklardır.
3 Bu ders biyolojik bilimlerde yeni ve hızla gelişen genom biyoinformatik alanında titiz, disiplinler arası bir bilgi sunmaktadır.
4
5
6
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Program, yüksek lisans yeterliliklerine dayalı olarak, alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirebilme, derinleştirebilme ve yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşabilme gücüne sahip mühendislik alanında son gelişmelerin bilgi izleyerek özgün bir sürecin tamamlanması ve bir süreci yönetme yeteneği, algılama yeteneğine sahip mezunlar vermeyi amaçlar.
2 Bahçe Bitkileri alanında oluşabilecek sorunlara, alternatif çözüm öneriler üretir
3 Ulusal ve uluslararası düzeyde Bahçe Bitkileri alanındaki gelişmeleri izleme yeteneğini kazanır.
4 Üretim materyali ve genetik kaynakları korur ve devamını sağlar.
5 Alanında ve iş yaşamında karşılaşılan toplumsal, bilimsel ve etik konularda çözüm üretir ve bu değerlerin gelişimini destekler.
6 Çalışma alanındaki problemlere yaklaşımları ile toplumu etkileyecek gelişmelere ve araştırmalara liderlik eder
7 En az bir yabancı dilde, ileri düzeyde yazılı, sözlü ve görsel iletişim kurar ve tartışır.
8 Akademik ve profesyonel bağlamda teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtarak, bilgi toplumu olma sürecine katkıda bulunur.
9 Uzman bir topluluk içinde özgün görüşlerini savunmada yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar.
10 Bilime yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem geliştirir ya da bilinen bir yöntemi farklı bir alana uygular, özgün bir konuyu araştırır, kavrar, tasarlar ve uygular.
11 Yeni fikirlerin analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar.
12 Özgün ve disiplinler arası sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapar.
13 Alanı ile ilgili bir bilimsel makaleyi ulusal ve/veya uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletir
14 Alanıyla ilgili çeşitli disiplinler arasındaki etkileşimi kavrar; yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır.
15 Sosyal ilişkileri ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla inceler, bunları geliştirir ve gerektiğinde değiştirmeye yönelik eylemleri yönetir.
16 Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni fikir ve yöntemler geliştirir.
17 Yeni bilimsel yöntemler geliştirebilir veya bilinen bir yöntemi bir alana uygular, yayınlar ve özgün bir çalışmayı ortaya koyar.
18 Alanındaki yeni bilgilere sistematik bir biçimde yaklaşabilir ve ilgili araştırma yöntemlerinde üst düzeyde beceri kazanır.
19 Alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirerek, bilime yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır.
20 Alanında edindiği bilgi ve beceriler ile yaşam boyu öğrenmeye ilişkin olumlu tutum geliştirir
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 3 14 42
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 3 14 42
Ödevler 2 14 28
Sunum / Seminer hazırlama 2 14 28
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 1 14 14
Ara sınavlar 1 1 1
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 2 14 28
Yarıyıl sonu sınavı 1 1 1
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     184
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 40
Kısa sınav 0 0
Ödev 0 0
Yarıyıl içi toplam   40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı Allmer, J., 2012. Biyoinformatik I: Dizi Kıyaslamaları. Nobel Yayın Evi, Ankara, 318s.
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar