Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
YENİ NESİL DİZİLEME TEKNOLOJİLERİ Birinci Düzey MBG518 1 6.00 6.00 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE GÜLCİHAN ÖNAL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE GÜLCİHAN ÖNAL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı
Dersin Veriliş Şekli Yüz yüze
Dersin Amacı Bu dersin amacı, yeni nesil dizileme teknolojilerinin temel prensipleri, çalışma süreçleri, veri analizi yaklaşımları ve moleküler biyoloji ile genetik alanındaki uygulamaları hakkında öğrencilere bilgi kazandırmaktır.
Dersin Tanımı Yeni nesil dizileme teknolojilerinin gelişimi, dizileme platformları, örnek hazırlama ve kütüphane oluşturma yöntemleri, hedefe yönelik dizileme, tüm ekzom ve tüm genom dizileme yaklaşımları, RNA dizileme uygulamaları, veri kalite kontrolü, temel biyoenformatik analizler, varyant değerlendirme ve yeni nesil dizilemenin araştırma ve klinik uygulamaları ele alınmaktadır.

Dersin İçeriği
1 Yeni nesil dizilemeye (NGS) giriş, tarihsel gelişim ve temel kavramlar
2 NGS platformlarının karşılaştırılması: Illumina, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore
3 NGS deney tasarımı ve çalışma akışı
4 Nükleik asit izolasyonu, kalite kontrol ve örnek hazırlama
5 Kütüphane hazırlama yöntemleri ve barkodlama stratejileri
6 Hedefe yönelik panel, ekzom ve tüm genom dizileme yaklaşımları
7 RNA-seq ve transkriptomik uygulamalar
8 Ödev / öğrenci sunumları
9 Ham veri formatları ve kalite değerlendirme (FASTQ, Phred skorları)
10 Temel biyoenformatik analizler: hizalama ve varyant çağırma
11 Varyant anotasyonu ve klinik veri tabanları
12 Tek hücre dizileme ve mekânsal transkriptomik
13 Metagenomik ve mikrobiyom uygulamaları
14 Etik, veri yönetimi, gelecekteki teknolojiler ve genel değerlendirme
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Yeni nesil dizileme teknolojilerinin temel prensiplerini ve tarihsel gelişimini açıklar.
2 Farklı dizileme platformlarının (Illumina, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore vb.) çalışma prensiplerini karşılaştırır.
3 Yeni nesil dizileme verilerinin analizinde kullanılan temel biyoenformatik yaklaşımları açıklar.
4 Yeni nesil dizileme çalışmalarına ait bilimsel literatürü yorumlayarak elde edilen bulguları tartışır.
5
6
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Türk milli eğitim sisteminin öngördüğü amaç ve ilkeleri tüm eğitim uygulamalarında temel alabilme
2 Çalıştığı kuruma ve çevresine özgün rehberlik ve psikolojik danışma programı geliştirebilme ve uygulayabilme
3 Türkçeyi ve İngilizceyi, istatistik ve bilgisayar uygulamalarını, bilimsel araştırma planlayıp yürütebilme ile ilişkili olarak kullanabilme
4 Farklı üstünlüğü ve yetersizliği olan bireyleri ayırt edebilme, destek olma ve sağaltım için sevk edebilme
5 Davranış bozukluğu gösteren çocuk ve yetişkinler ile kişilik bozukluğu gösteren yetişkinlere ait tanı kriterleri ile onları ayırt edebilme, destek olma ve sağaltım için sevk edebilme
6 Grupla ve bireysel psikolojik danışma oturumlarını planlayabilme, iletişim becerilerini (sözlü ve sözsüz) ve psikolojik danışma becerilerini doğru kullanabilme ve uygulayabilme
7 Eğitsel, mesleki, kişisel ve sosyal rehberlik ve psikolojik danışma hizmetlerini planlayabilme ve uygulayabilme
8 Ailelere, okul çalışanlarına ve yetişkinlere yönelik psikolojik danışma ve rehberlik ile konsültasyon çalışmaları planlayabilme ve uygulayabilme
9 Bireyi tanıma amacıyla test ve test dışı teknikleri uygulama, yorumlama ve raporlama
10 Gelişim alanlarını, kuramlarını, dönemlerini ve uyum problemlerini, davranışın sosyal ve felsefi temellerini, öğrenme, öğretim ile yönetim kavram ve ilkelerini psikolojik danışma ve rehberlik uygulamalarına aktarabilme
11 Psikolojik danışma ve rehberlik hizmetlerinin planlanmasında ve uygulanmasında mesleki etik kuralları ve psikolojik danışma ve rehberlik kuramlarını kullanabilme
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 0 0 0
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 0 0 0
Ödevler 0 0 0
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 0 0 0
Ara sınavlar 0 0 0
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavı 0 0 0
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     0
AKTS     0.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 0 0
Kısa sınav 0 0
Ödev 0 0
Yarıyıl içi toplam   0
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   0
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   0
Genel toplam   0

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar