Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON Birinci Düzey KİM 651 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Şartsız
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Yok
Dersin Veriliş Şekli Yüzyüze
Dersin Amacı Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği
1 Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2 Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3 İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4 Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5 Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6 Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7 Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8 Ara sınav
9 Monte Carlo Simülasyon Metotları
10 Konformasyonal Analiz
11 Protein Yapı Tahmini
12 Ardışık Analiz ve Protein Bulma
13 Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
14 Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
15 Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
16 Final sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2 • Veri toplanması ve analizi
3 • Model Geliştirme
4 • Model Doğrulama ve Değiştirme
5 • Model Deneme ve Optimizasyon
6 • Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Öğrencilerin ağırlama ve turizm endüstrisi alanındaki kavramlar, kuramlar, ilkeler ve olgular hakkında bilgi sahibi olması sağlanır.
2 Gastronomi ve Mutfak Sanatlarına özgü kavram ve ilkelerle bu alana yönelik uygulamanın geliştirilmesi sağlanır.
3 Öğrencilere beslenme ilkeleri ve gıda bilimi hakkında eğitim verilir ve alanlarında uygulama yapmaları sağlanır.
4 Öğrencilere alanı ile ilgili fiziksel ortamı, araç-gereçleri ve teknolojileri tanımaları ve kullanmalarına yönelik eğitim verilir.
5 Öğrencilere ulusal ve uluslararası gıda güvenliği standartları öğretilir ve uygulama yapmaları sağlanır.
6 Öğrencilere ulusal ve uluslararası mutfaklar hakkında bilgi verilir ve uygulama olanakları sağlanır.
7 Öğrencilere çeşitli pişirme teknikleri öğretilir ve uygulama yapmaları sağlanır.
8 Öğrencilere menü planlama hakkında eğitim verilir.
9 Öğrenciler yiyecek-içecek maliyet analizi kontrolü ve menü fiyatlandırması hakkında bilgiye sahip olurlar.
10 Öğrenciler çeşitli içecekler hakkında ayrıntılı bilgiye sahip olurlar ve yiyecek üretiminde çeşitli içeceklerin kullanılma yöntemlerini öğrenirler.
11 Öğrencilerin yemekleri tabaklama ve sunum teknikleri hakkında bilgi sahibi olması sağlanır.
12 Yiyecek-içecek üretiminin öncesi ve sonrasıyla ilgili tüm süreçler hakkında bilgi sahibi olan öğrenciler, süreç içerisinde yaşanabilecek sorunları çözme becerisi kazanırlar.
13 Öğrenciler, eğitimini aldıkları mesleğin hukuki düzenlemeleri hakkında bilgi sahibi olurlar.
14 Öğrenciler mesleki etik standartlar hakkında bilgi sahibi olurlar.
15 Öğrenciler, gerek mesleki, gerekse de temel alanlar ile ilgili iletişim teknolojileri hakkında bilgi sahibi olur ve uygulama becerileri geliştirir.
16 Öğrencilerin İngilizce dilinde en az Avrupa Dil Portföyü B2 genel düzeyinde okuma, anlama, konuşma ve yazma becerileri elde etmesi hedeflenir.
17 İkinci bir yabancı dilde en az Avrupa Dil Portföyü B1 genel düzeyinde okuma, anlama, konuşma ve yazma becerileri elde etmesi hedeflenir.
18 Öğrenciler işletme ve iktisat alanındaki temel kavramlar, kuramlar, ilkeler ve olgular ile bir yiyecek içecek işletmesini etkin bir şekilde yönetebilecek yönetim teorileri ve uygulamaları hakkında bilgi sahibi olurlar
19 Öğrencilerin yazılı, sözlü ve sözsüz olarak etkili iletişim kurma ve sunma becerileri gelişir.
20 Öğrenciler, gastronomi ve mutfak sanatları alanının gerektirdiği şekilde kişisel bakım, ve hijyenin gerekliliği konusunda bilgi sahibi olurlar.
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 13 4 52
Ödevler 6 8 48
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 5 2 10
Ara sınavlara hazırlık 2 8 16
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 2 8 16
Yarıyıl sonu sınavı 2 2 4
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     187
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 50
Kısa sınav 0 0
Ödev 2 50
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı CADD and Molecular Modeling : Importance in Pharmaceutical Development Dr. Sanjeev Kumar Singh
Yardımcı Kaynaklar Receptor-ligand interactions (docking) Antonio Morreale

Ders İle İlgili Dosyalar