Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON Üçüncü Düzey KİM 651 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Şartsız
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Yok
Dersin Veriliş Şekli Yüzyüze
Dersin Amacı Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği
1 Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2 Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3 İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4 Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5 Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6 Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7 Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8 Ara sınav
9 Monte Carlo Simülasyon Metotları
10 Konformasyonal Analiz
11 Protein Yapı Tahmini
12 Ardışık Analiz ve Protein Bulma
13 Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
14 Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
15 Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
16 Final sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2 • Veri toplanması ve analizi
3 • Model Geliştirme
4 • Model Doğrulama ve Değiştirme
5 • Model Deneme ve Optimizasyon
6 • Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Fizyoloji bilgisini üst düzeyde kullanarak fizyoloji ile ilgili hipotezleri kurma, çözme ve geliştirebilme.
2 Fizyoloji alanına yenilik getiren bir düşünce, bilimsel yöntem, tasarım veya uygulama geliştirebilme ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve uygulamayı fizyoloji alanına uygulayabilme.
3 Fizyoloji ile ilgili özgün bir araştırma sürecini uygun teknolojileri kullanarak tasarlayabilme, uygulayabilme, sonuçlandırabilme ve yönetebilme.
4 Fizyoloji alanında en yeni bilgilere ulaşabilme ve bunları sistemli bir biçimde değerlendirebilme.
5 Fizyoloji alanında gerçekleştirdiği akademik çalışmaların sonuçlarını saygın yurtiçi ve yurtdışı akademik ortamlarda sunabilme ve yayınlayabilme
6 Bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel gelişmeleri değerlendirebilme ve bilimsel tarafsızlık ve etik sorumluluk bilinciyle topluma aktarabilme.
7 Fizyoloji alanındaki fikirlerin ve gelişmelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapabilme
8 Kendi alanı, diğer tıp alanlarında çalışanlar ve daha geniş bilimsel ve sosyal topluluklarla yazılı ve sözlü iletişim kurma, işbirliği yapma, görüşlerini savunabilme.
9 Özgün ve disiplinler arası sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapabilme
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 13 4 52
Ödevler 6 8 48
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 5 2 10
Ara sınavlara hazırlık 2 8 16
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 2 8 16
Yarıyıl sonu sınavı 2 2 4
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     187
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 50
Kısa sınav 0 0
Ödev 2 50
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı CADD and Molecular Modeling : Importance in Pharmaceutical Development Dr. Sanjeev Kumar Singh
Yardımcı Kaynaklar Receptor-ligand interactions (docking) Antonio Morreale

Ders İle İlgili Dosyalar