Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
MICROBIAL GENOMICS AND PROTEOMICS	Üçüncü Düzey	AGS 648		2	7.50	7.50	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Temel moleküler biyoloji ve biyokimya bilgisi
Eğitimin Dili	İngilizce
Koordinatör	PROF. DR. SEMİH YILMAZ
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	Prof. Dr. Semih YILMAZ
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	Research assistant Ahmet Enes URAY
Dersin Veriliş Şekli	Yüz yüze, interaktif eğitim
Dersin Amacı	Kursun genel amacı genomics ve protemics alanlarındaki temel uygulama alanları ve metotların açıklanmasıdır. Özelde ise genomiğin tarihsel ve gelişimsel perspektifini, proteomik ve proteogenomik yöntemleri, prokaryot genomların yapısal organizasyonunu içerir.
Dersin Tanımı	Bu ders fonksiyonel genomik ve proteomik ile ilgili bilgi ve becerileri kazandırmayı amaçlar. Özellikle prokaryotlarda (bakteri) kullanılan teknikler üzerinde durulmuştur. Organizmaların tüm genom düzeyinde değişen çevre koşullarına verdiği tepki açıklanacaktır.

Dersin İçeriği

1	Genom ve proteom tanımları
2	Genom büyüklüğü, nükleotid ve yapısal değişkenlik
3	Genomik ve alt dalları
4	Prokaryotik genomların yapısı, organizasyonu ve bileşimi
5	Mikrobiyal genomik ve genom epidemiyolojisi
6	Proteomik çalışmaların biyoteknolojik uygulamaları
7	Ara Sınav
8	Fonksiyonel genomiğin temel yaklaşımları: ileri genetik (forward genetics) ve ters genetik (reverse genetics)
9	Farklı örnek tiplerinden protein izolasyonunun temel yöntemleri; elektroforetik ayırma teknikleri
10	Proteinlerin biyolojik fonksiyonunun belirlenmesindeki zorluklar; post-translasyonel modifikasyonlar
11	Patojen tanımlanması (BioTyper)
12	Protein miktar tayini (protein kantifikasyonu)
13	Protein izolatlarının hazırlanması ve protein ile peptitlerin fraksiyonlanması/ayrılması
14	Final Sınavı
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Fonksiyonel genomik ve proteomiğin tarım, ekotoksikoloji ve insan sağlığı alanındaki kullanımlarını tartışmak
2	Genom ve proteomik alanında kullanılan teknolojilerin seçiminde kullanılan yöntem ve uygulamaları anlamak
3	Çeşitli kaynaklardan gelen bilgileri değerlendirerek biyoteknolojideki problemleri kritik analiz edebilme ve çözebilme
4	İfade çalışmaları ile elde edilen verileri yorumlayabilme
5	Kendi kendine öğrenme sürecini gerçekleştirebilme
6	Prokaryotik genom ve proteomlardaki farklı bileşenleri tanımlamak ve açıklayabilme
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1	Endüstri Mühendisli alanında bilimsel araştırma yaparak bilgiye genişlemesine ve derinlemesine ulaşır, bilgiyi değerlendirir, yorumlar ve uygular.
2	Endüstri Mühendisliğinde uygulanan güncel teknik ve yöntemler ile bunların kısıtları hakkında kapsamlı bilgi sahibidir
3	Kritik ve yaratıcı düşünme yapısına sahip olur ve çalışma alanındaki problemleri çözme yeteneği kazanır.
4	Akademik etiğin öneminin bilincindedir.
5	Araştırma çıktılarını evrensel düzeyde akademik toplulukla ve toplumla etkin bir biçimde paylaşırlar.
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	13	3	39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	13	5	65
Ödevler	3	15	45
Sunum / Seminer hazırlama	4	4	16
Kısa sınavlar	0	0	0
Ara sınavlara hazırlık	1	10	10
Ara sınavlar	1	2	2
Proje (Yarıyıl ödevi)	0	0	0
Laboratuvar	0	0	0
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	1	10	10
Yarıyıl sonu sınavı	1	5	5
Araştırma	0	0	0
Toplam iş yükü			192
AKTS			7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	40
Kısa sınav	0	0
Ödev	0	0
Yarıyıl içi toplam		40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı	ProteomicsDB: : http://www.proteomicsdb.org/ Kraj, A. & Silberring J. Introduction to Proteomics. Ed. Wiley, UK 2008.
Yardımcı Kaynaklar	Brown, T. A. Genomes. Garland Science, UK. 2009, 3rd edition. Lovrik, J. Introducting Proteomics: From concepts to sample separation, mass spectroetry and data analysis. Ed. Wiley-Blackwell, UK, 2011.

Ders İle İlgili Dosyalar