Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
GEN İFADELERİNİN KONTROLÜ Üçüncü Düzey TIB 605 Seçmeli 1 6.00 6.00 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri DNA, RNA Biyosentezi ve protein sentezi konularını lisansüstü düzeyde bilmek.
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. NURHAN CÜCER
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı YOK
Dersin Veriliş Şekli Teorik
Dersin Amacı Tek ve çok hücrelilerde her bir hücrenin sahip olduğu genlerin aktivitelerini hangi mekanizmalarla kontrol ettiklerini öğretmek
Dersin Tanımı Gen ifadelerinin düzenlenmesi hakkında bilgi sağlayan bir derstir.

Dersin İçeriği
1 Tek hücreli, çok hücreli, zigottan embriyoya gidiş. Tek hücreden çeşitli dokulara. Aynı genoma sahip özellik ve işlevleri farklı hücreler. Ökromatin ve heterokromatin. Konstitütüf (Zorunlu) ve fa kültatif (seçimli) heterokromatin.kavram ve özellikler.
2 Gen ifadesi (ekspresyonu) ne demektir, gen ifadesinin kontrol edildiği düzeyler. Prokaryotlarda gen ve promoter bölge yapısı.
3 E.coli Örneği, Glukoz ve laktoz içeren ortamda bakteri lerin çoğalma davranışı. Operon kavramı, katabolik operon örneği Lac operonu, negatif ve pozitif kontrolu, regülatör gen, repressör kavramları, cAMP-CAP, allolaktoz, operondan üretilen enzimler ve işlevleri, bu işlevlerle kontrol amacı arasında uygunluğun tartışılması.
4 Minimal ortamda okzotrof bakteri davranışı.Anabolik operon örneği: His operonu, Üretildiğinde inaktif olan represör, son ürün baskılaması-negatif kontrol ilişkisi.
5 Arabinoz operonu, regülatör genler ve kendi ürünleri ile negatif kontrol. Triptofan operonundan üretilen mRNA’nın özellikleri. Lider peptid kodlayan bölge ve özellikleri.
6 Protein sentezi düzeyinde kontrol edilen Triptofan operonu, lider peptid mRNAsında oluşabilen ilmekler, ard arda trip kodonları (attenuatör dizin) ve stop kodonu, yerleri ve rolleri. Trip.operonupozitif ve negatif kontrolu. Anabolik özellik. Literatürde bulunan farklı modellerin tartışılması.
7 Ökaryotlarda gen ve promoterlerin yapısı, prokaryotlarla karşılaştırma, cis ve trans kontrol elemanları ve özellikleri pre mRNAnın ve hnRNAnın işlemlenmes ve önemi. Ökaryotlarda gen ifadesi düzenlenme düzeyleri.
8 Transkripsiyonu kontrol eden “Epigenetik” mekanizmalar, tanım. Histon asetilasyonu-deasetilasyonu ve kromatinin yaniden modellenmesi. Sitozin metilasyonu ile kontrol ve yer aldığı olaylar.
9 Transkripsiyon faktörlerinin tanıma bölgeleri, enhancer ve silencerlerin tanım ve işlevleri.hücre içi veya dışından başka gen ürünlerinin transkripsiyon üzerine etkileri. Tümör supresör genler.
10 Prokaryot ve ökaryotlarda mRNA özellik ve ömürlerinin karşılaştırılması. Cap ve kuyruk varlığının önemi ve gen ifadesinin kontrolundaki rolleri. rRNA, rProtein, tRNA, pp- AT-ppp gibi nükleotid tetra- ve pentafosfatların (alarmonlar) regülasyondaki rolleri.
11 Protein sentezinin kontrolı. eIF faktörününün fosforilasyonu ve defosforilasyonu üzerinden inisiyasyon basamağının kontrolu örneği, cap ve kuyruk bölgesi varlığının rolü, yeterli aminoasit bulunmasının elongasyonun kontrolundaki rolü, bazı iyonların varlığının ya da yokluğunun rolü. Hemoglobin altbirimlerinin sentezi üzerinde anlatım.
12 Protein işlevi üzerinden kontrol: düzeyin tanımı. Sentezlenen polipeptidin proteine dönüşüp dönüşmeyeceğine karar vererek kontrol. Kompleks oluşturan proteinler üzerinden kontrol. İki ve daha fazla altbirimden oluşan proteinler üzerinden ifade kontrolu,
13 Özel lipidlerin, neddilasyonun (proteinlerle), fosforilasyon-defosforilasyon, ubikitinilasyon (degradasyon) v.d. moleküllerin proteine bağlanması ya da çıkarılması ile işlev düzeyinde ifadenin kontrolu mekanizmaları
14 Gen ifadelerinin düzenlenmesi neden önemlidir. Hücre bölünmesinin kontrolü örneği üzerinden anlatım ve tartışma.
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Gen ifadesi kavramını tanımlayabilmek.
2 Kontrolun hangi düzeylerde gerçekleşebileceğini sayabilmek.
3 Gen aktivitesi kontrol mekanizmalarını özetleyebilmek ve bunlara örnek verebilmek.
4 Prokaryot ve ökaryotlardaki kontrol arasındaki farkları bilmek.
5
6
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 14 2 28
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 14 4 56
Ödevler 0 0 0
Sunum / Seminer hazırlama 2 10 20
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 0 0 0
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 14 3 42
Yarıyıl sonu sınavı 1 3 3
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     151
AKTS     6.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 0 0
Kısa sınav 1 10
Ödev 2 30
Yarıyıl içi toplam   40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar