Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
PROTEİN YAPISI VE FONKSİYONLARI Üçüncü Düzey TBT 305 5 4.00 4.00 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Yok
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. SEMİH YILMAZ
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı Semih Yılmaz
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Kevser Karaman, Ahmet Say
Dersin Veriliş Şekli Örgün(Yüz Yüze)
Dersin Amacı Gen-protein ilişkisini ve biyoteknolojide proteinlerin önemini kavratma.
Dersin Tanımı Bu ders öğrencilerin proteomikteki temel konuları kavraması ve tarımda kullanım alanlarını öğrenmesi için düzenlenmiştir

Dersin İçeriği
1 Proteomik ve porteom
2 Analitik proteomiğe genel bakış. Kantitatif proteomik
3 Analitik protein ve peptid ayrımı
4 Protein ve peptid analizinde kütle spektrofotometrisi
5 Peptid kütle parmakizi ile protein tanımlama. Protein modifikasyon proteomiği
6 Proteomik'te yeni yönelimler
7 Tandem Kütle Spektrometre Verilerle Protein Tanımlama
8 ARA SINAV
9 Proteomik uygulamaları
10 Protein ifade profili
11 Protein-protein ilişkisi belirleme ve protein kompleksleri
12 Tandem kütle spektrometresi ile peptid Dizi Analizi
13 Biyoinformatik araçları
14 YARIYIL SONU SINAVI
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Proteomikteki pratik ve teorik konuları bilir
2 Proteinlerin büyük ölçekli analizi için ortak iş akışlarını bilir
3 Proteom ölçümü ile ilgili temel konuları bilir
4 Kütle spektrometresi verinin proteinleri tespit etmek için kullanımını anlar
5 De novo dizileme ile birlikte MS / MS verilerini değerlendirebilir
6 Post-translasyonel modifikasyonlar ve protein-protein etkileşimlerinin analizini yapabilir
7 Protein katlanmasını bilir
8 Fonksiyonel proteinlerde birden fazla tersiyer yapı olabileceğini bilir
9 Fonksiyonel proteinleri gruplandırabilir
10 Gen-protein ilişkisini ve gen dizilerinin proteinin primer-quaterner yapısında etkili olduğunu bilir

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Farmakoloji ve toksikoloji alanındaki her türlü bilgiyi (zehirlenme, kirlilik, ilaç kullanımı v.b.) derlemek ve değerlendirmek.
2 Farmakoloji ve toksikoloji ile ilgili alanlar hakkında derinlemesine bilgilere sahip olmak. Farmakoloji ve toksikoloji alanındaki sorunları çözebilmek.
3 Farmakoloji ve toksikoloji alanındaki olayları kavramsallaştırmak, bilimsel yöntemleri analiz etmek, sonuçları yorumlamak, sorunlar için yöntem veya analiz oluşturmak ve elde edilen verilere göre çözümler sunmak.
4 Farmakoloji ve toksikoloji alanında edindiği bilgileri kullanarak halk ve hayvan sağlığı için ilaç kullanımı, besin maddelerinde kalıntılar ve çevre toksikolojisi ile ilgili sorunların tanımlanması ve çözümüyle ilgilenen komisyonların faaliyetlerini yönetmek.
5 Farmakoloji ve toksikoloji alanındaki güncel bilgileri (bilimsel bilgi, düzenleme v.b.) izleyebilmek, kullanabilmek ve değiştirebilmek.
6 Yabancı dil (İngilizce)’de yayınlanan kaynakları okuyup anlayabilme
7 Yerli ve yabancı bilim insanları ile sözlü ve yazılı iletişime geçebilme
8 Farmakoloji ve toksikoloji ile ilgili makaleler yazabilmek ve ulusal ve uluslar arası dergilerde yayın yapma becerisi kazanmak.
9 Bilimsel toplantılarda farmakoloji ve toksikoloji ile ilgili konularda sunum yapabilme
10 Farmakoloji ve toksikolojide kullanılan analitik yöntemleri bilme
11 Araştırmalardan elde edilen bilgilerin en önemli kazanım olduğunu bilmek ve yaşam boyu öğrenmeyi amaç edinmek
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 13 2 26
Ödevler 2 3 6
Sunum / Seminer hazırlama 1 3 3
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 1 8 8
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 6 1 6
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 1 5 5
Yarıyıl sonu sınavı 1 2 2
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     97
AKTS     4.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 30
Kısa sınav 0 0
Ödev 1 10
Yarıyıl içi toplam   40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı Amit Kessel, Nir Ben-Tal. Introduction to Proteins: Structure, Function, and Motion, Second Edition. 2018
Yardımcı Kaynaklar Gregory Petsco. Protein Structure and Function. 2004

Ders İle İlgili Dosyalar