Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
OMİKS; GENOMİKS, TRANSKRİPTOMİKS, PROTEOMİKS	İkinci Düzey	SCR 515	Seçmeli	1	6.00	6.00	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Moleküler Biyoloji ve Biyokimya
Eğitimin Dili	Türkçe
Koordinatör	PROF. DR. SERVET ÖZCAN
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	Erciyes Üniversitesi, Genom ve Kök Hücre Merkezi, GENKÖK
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	-
Dersin Veriliş Şekli	Yüz Yüze. Dersi alan öğrencilere ilerleyen haftalık konuların ppt sunumları dersten bir hafta önce dağıtılmakta ve internet ortamından yararlanabilecekleri kaynaklar da temin edilmektedir. Ayrıca, konu kapsamında sağlanan dokümantasyonların konular dahilinde sınıf içerisinde tartışılması sağlanmaktadır. Konunun tamamlanması sonrasında, her öğrenciye bireysel ödev konusu verilmektedir. Dersi takip eden haftada, öğrencilerin ödevlerini tartışmasına izin verilmekte ve benzer problemleri çözmeleri konusunda öneriler üretmeleri beklenmektedir.
Dersin Amacı	Bu dersin amacı, genomiks, trasncripromics ve proteomiks alanında kullanılan temel kavramları ve terminolojik altyapıyı oluşturmak. Özelikle proteomiks alanında yaygın kullanılan teknikleri (kısmen) pratikte uygulamalı olarak göstermektir.
Dersin Tanımı	Bu ders özelikle sistem biyolojinin ana temalarını hedefleyen öğrencilere yönelik olarak amaçlanmıştır. Ders içeriği iki-boyutlu jel elektroforezi ve protein tanımlanması yöntemlerini kapsamaktadır. Proteom’un anlamı. 2-boyutlu elektroforezde proteinlerin çözünmesi. İki-boyotlu jel elektroforezinin taşıyıcı anfolin ve kurulmuş pH gradiyenti ile yapımı. 2D ile ayrılan proteinlerin yakalanması. İki-boyutlu jel elektroforezi ile ayrılan proteinlerin blotlama ve imminoafinite yöntemleri ile tanımlanması. Asit hidrolize edilmiş proteinlerin amino asit kompozisyonlarının tanımlanması. Amino asit dizilerinin Edman yöntemi ile belirlenmesi. Kütle spektroskopisi ile proteinlerin tanımlanması.

Dersin İçeriği

1	Genom ölçüsü ve fonksiyonu
2	Merkezden yönetim; transcripsiyon ve translasyon
3	Protein örneklerinin hazırlanması
4	İki Boyutlu Jel (2D)
5	İzoelektrik Fokuslama (IEF) uygulamaları
6	İmmobilize pH Gradientiyle (IPG)
7	Protein Spotlarının Belirlenmesi; Organik Boyalar: Coomassie Parlak Mavi (CBB), Gümüş Boyama
8	Ara Sınav
9	Pro-Q Temelli Boyamalar, Floresans Temelli Boyamalar
10	İmmunoproteom ve uygulamaları
11	Kütle Spektroskopiyle (MS); MALDI-TOF-MS, ESI-MS, Q-TOF, LS MS
12	Proteom Haritalama
13	Kanser Belirteçlerinin Geliştirilmesinde Proteomik Yaklaşım
14	Biyoteknoloji Proteom Çalışmaları
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Proteomiksi anlamak ve post genom sonrası fonksiyonel proteomiksin degerlendirilmesi; proteomiks hakkında temel bilgilerin kazanması ve bu alanda elde edilen bilgilerin biyolojik bilimlerde gerçek hayatta kullanım alanlarını değerlendirebilmek.
2	Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak (GeneBank, BLAST, UniProtKB) analiz edebilme
3	Proteomics alanında kullanılan temel enstrümanlar ve bunların güçlü ve zayıf yanlarını tartışabilir;1-D & 2-D geller, elektroforez ve kütle spectrofotometre temelli yaklaşımları degerlendirebilmek
4	Kütle spectrofotometrik yöntemlerin temellerini kavramak. İyonizsayon kaynakları, elektrosprey iyonizsayonu (EST) matrikse baglı lazer disasuasyon iyonizasyonu (MALDI), ve üçlü kuadropol (QQQ) teknolojilerini degerlendirebilmek
5	Protein çalışmalarında ve peptit ayrıştırmalarında rvers faz HPLC kullanımı; hacim ve kapasiteleri açısından mikro-LC ve nano-LC tekniklerinin degerlendirilmesi ve temel parametrelerini anlamak
6	Kalitattif ve kantitatif proteomiksin kavranması: şut-gan proteomiks (toplam ve alt proteome analizi), ifade temelli proteome analizinin (izotop baglı ve izotop baglı olmayan), ve in vivo proteome analizinin temellieri
7	Biyolojik veri tabanlarının temellerini anlama ve moleküler biyoloji, genetik ve proteomics kapsamında kullanılabilme
8	Kompütatasyon (biyoinformatik); protein tanımlama ve analiz yöntemleri, yazılımlar, World Wide Web tabanlı proteom veri bankalarından yararlanma, network tabanlı data analizlerinin temellerini kavramak.
9	Biyoinformatik araçları kullanarak genomik ve proteomik yaklaşımın tartışılabilmesi
10	Biyoinformatik ve Omic’in gelişim sürecini değerlendirebilmek

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	14	3	42
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	5	2	10
Ödevler	5	2	10
Sunum / Seminer hazırlama	2	2	4
Kısa sınavlar	5	5	25
Ara sınavlara hazırlık	1	5	5
Ara sınavlar	1	2	2
Proje (Yarıyıl ödevi)	1	8	8
Laboratuvar	8	2	16
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	1	10	10
Yarıyıl sonu sınavı	1	2	2
Araştırma	5	3	15
Toplam iş yükü			149
AKTS			6.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	40
Kısa sınav	1	10
Ödev	5	50
Yarıyıl içi toplam		100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı	Ana kaynakçalar: 1) Liebler, D. C., Introduction to proteomics: tools for the new biology, 1st ed. Humana Press, 2002. 2) Rabilloud, T., Proteome research: two-dimentional gel electrophoresis and identification methods, 1st ed., Springer Verlag, 2000. 3) Walker, J. M. (ed) The protein protocols hendbook, 2nd ed. Humana Press, 2002. 4) Leving, B. Genes IX, 9th ad., Oxford University Press, Oxford, UK, 2008. 5) Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., and Peter Walter, P. Molecular Biology of the Cell, 4th ed. 2002. Garland Science, New York, USA, 2002. Web based resources at BRENDA, ExPASy, EGGE, UniProt etc
Yardımcı Kaynaklar	Han X, Aslanian A, Yates JR 3rd., Mass spectrometry for proteomics, Curr Opin Chem Biol. Oct;12(5):483-90, 2008. Aebersold R, Mann M., Mass spectrometry-based proteomics. Nature. Mar 13;422(6928):198-207, 2003. S. D. Patterson, “How much of the proteome do we see with discovery-based proteomics methods and how much do we need to see?” Current Proteomics, vol. 1, pp. 3–12, 2004. Jeffrey A Ranish, Eugene C Yi, Deena M Leslie, Samuel O Purvine, David R Goodlett, Jimmy Eng, Ruedi Aebersold “The study of macromolecular complexes by quantitative proteomics” Nat Genet. Mar ;33:349-55, 2003. David R Goodlett, Eugene C Yi “Proteomics without polyacrylamide “qualitative and quantitative uses of tandem mass spectrometry in proteome analysis” Funct Integr Genomics. Sep ;2:138-53, 2002. Anas El-Aneed, Aljandro Cohen, Joseph Banoub, Mass Spectrometry, Review of the Basics: Electrospray, MALDI, and Commonly Used Mass Analyzers, Applied Spectroscopy Reviews, Volume 44, Issue 3 May 2009 , pages 210 – 230. Bruno Domon and Ruedi Aebersold, Mass Spectrometry and Protein Analysis, Science 14 April: Vol. 312. no. 5771, pp. 212 – 217, 2006. Rikova K, Guo A, Zeng Q, Possemato A, Yu J, et al. Global survey of phosphotyrosine signaling identifies oncogenic kinases in lung cancer. Cell 131: 1190–1203, 2007. Matthias Mann and Ole N. Jensen, Proteomic analysis of post-translational modifications, Nature Biotechnology 21, 255 – 261, 2003.

Ders İle İlgili Dosyalar

DBP Hakkında

Ders Hakkında

Bölüm Hakkında