Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
PROTEIN METABOLISM İkinci Düzey AGS 683 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Yok
Eğitimin Dili İngilizce
Koordinatör PROF. DR. SEMİH YILMAZ
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı Prof. Dr. Semih YILMAZ
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Arş. Gör. Ahmet Enes URAY
Dersin Veriliş Şekli Yüz yüze, interaktif eğitim
Dersin Amacı Bu ders hücrelerin metabolik işleyişi ile proteinlerin bağlantısını, protein domainlerinin görevini, mutasyonların etkisini ve termodinamik stabilitesini kavratmak amacıyla hazırlanmıştır.
Dersin Tanımı Ders temel olarak fonksiyonel protein gruplarının metabolik etkileri, protein katlanması, proteinlerin termodinamik stabilitesi, solvent ve termal denatürasyon konularına odaklanacaktır. Bu ders dinamik ve işlevsellik konusunda kavramsal ve pratik bir arka plan sağlayacaktır. Proteomik dünyasına daha kapsamlı bir giriş yapılmasına ve ayrıca proteomik çalışmaları yoluyla organizmaların biyolojik özelliklerine ilişkin önemli bilgiler sunacaktır.

Dersin İçeriği
1 Protein yapı stabilizasyonu
2 Protein yapısı, stabilitesi ve fonksiyonu arasındaki termodinamik ilişkiler
3 Protein katlanması-termodinamik ilişki
4 Protein katlanmasında hidrofobik-hidrofilik ilişkiler
5 Hidrojen değişimi-protein konformasyonel stabilitesi
6 Protein katlanması-konformasyonel entropi
7 Protein katlanması/denatürasyonu moleküler dinamikleri
8 ARA SINAV
9 Solvent, termal denatürasyon etkisiI, sı değişimi-stabilite kapasitesi
10 Yüzey mutasyonları
11 Bağlama bölgeleri termodinamik özellikleri
12 Prolin izomerizasyon etkisi
13 Fonksiyonel protein grupları
14 FİNAL SINAVI
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Protein stabilitesi ve termodinamik ilişkiyi anlamak
2 Katlanmada termodinamik bağlantıları açıklamak
3 Hidrojen ekleme çıkarma ile konformasyonel stabilite bağlantısını açıklamak
4 Stabilitede hücre içi ve dışı solvent kondantrasyonu ve termal etkiyi açıklamak
5 Protein bağlanma bölgelerinde termodinamik etkiyi açıklamak
6 Metabolizmada fonksiyonel protein gruplarını açıklamak
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Mühendislik alanında bilimsel araştırma yaparak bilgiye genişlemesine ve derinlemesine ulaşır, bilgiyi değerlendirir, yorumlar ve uygular.
2 Mühendislikte uygulanan güncel teknik ve yöntemler ile bunların kısıtları hakkında kapsamlı bilgi sahibidir.
3 Sınırlı ya da eksik verileri kullanarak bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; değişik disiplinlere ait bilgileri bütünleştirir.
4 Mesleğinin yeni ve gelişmekte olan uygulamalarının farkında olup, gerektiğinde bunları inceler ve öğrenir.
5 Mühendislik problemlerini kurgular, çözmek için yöntem geliştirir ve çözümlerde yenilikçi yöntemler uygular.
6 Yeni ve/veya özgün fikir ve yöntemler geliştirir; sistem, parça veya süreç tasarımlarında yenilikçi çözümler geliştirir.
7 Analitik, modelleme ve deneysel esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık durumları çözümler ve yorumlar.
8 Çok disiplinli takımlarda liderlik yapar, karmaşık durumlarda çözüm yaklaşımları geliştirir ve sorumluluk alır.
9 Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B2 Genel Düzeyinde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurar.
10 Çalışmalarının süreç ve sonuçlarını, o alandaki veya alan dışındaki ulusal ve uluslar arası ortamlarda sistematik ve açık bir şekilde yazılı ya da sözlü olarak aktarır.
11 Mühendislik uygulamalarının sosyal ve çevresel boyutlarını betimler.
12 Verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında ve mesleki tüm etkinliklerde toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetir.
13 Çalışmalarının süreç ve sonuçlarını, o alandaki veya alan dışındaki ulusal ve uluslar arası ortamlarda sistematik ve açık bir şekilde yazılı ya da sözlü olarak aktarır.
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 5 7 35
Ödevler 3 20 60
Sunum / Seminer hazırlama 2 5 10
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 1 10 10
Ara sınavlar 1 3 3
Proje (Yarıyıl ödevi) 1 5 5
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 1 10 10
Yarıyıl sonu sınavı 1 3 3
Araştırma 1 10 10
Toplam iş yükü     185
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 30
Kısa sınav 0 0
Ödev 1 10
Yarıyıl içi toplam   40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı Kenneth P. Murphy (auth.), Kenneth P. Murphy (eds.) - Protein Structure, Stability, and Folding-Humana Press (2001)
Yardımcı Kaynaklar Johannes Buchner, Thomas Kiefhaber - Protein Folding Handbook. 5-volume set-Wiley-VCH (2005)

Ders İle İlgili Dosyalar