Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON İkinci Düzey KİM 651 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Şartsız
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Yok
Dersin Veriliş Şekli Yüzyüze
Dersin Amacı Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği
1 Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2 Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3 İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4 Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5 Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6 Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7 Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8 Ara sınav
9 Monte Carlo Simülasyon Metotları
10 Konformasyonal Analiz
11 Protein Yapı Tahmini
12 Ardışık Analiz ve Protein Bulma
13 Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
14 Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
15 Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
16 Final sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2 • Veri toplanması ve analizi
3 • Model Geliştirme
4 • Model Doğrulama ve Değiştirme
5 • Model Deneme ve Optimizasyon
6 • Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Veteriner Hekimliğin her alanında temel ve yeterli bilgi birikimine sahip olur, öğrendiği bilgileri etkin olarak kullanabilir,
2 Mesleğini uygularken bilimsel ve mesleki etik kurallarını ve hayvan haklarını gözetir,
3 Doğru bir tanı için yeterli klinik ve laboratuar bilgi birikimi ve becerisi kazanır, elde ettiği verileri değerlendirebilir,
4 Yeterli bilgi birikimi ve deneyimiyle çözüm üretebilir ve uygun sağaltım yöntemlerini kullanabilir,
5 Birey ve sürü sağlığı açısından koruyucu hekimliğin temel kurallarını bilir ve uygulayabilir,
6 Hayvan yetiştirme ve beslenme ilkeleri ile hayvan ıslahı konularında yeterli bilgi ve deneyim kazanır,
7 Veteriner hekimlik alanındaki halk sağlığı çiftlikten sofraya gıda güvenliği ve teknolojisi konularında yeterli bilgi ve beceri kazanır,
8 Veteriner hekimlik ile ilgili mevzuatı bilir ve mesleki problemleri farklı bakış açılarından analiz edebilir,
9 Meslektaşları, diğer meslek mensupları hasta sahibi ve işverenler ile iyi iletişim kurabilir,
10 Yazılı ve sözlü olarak kendisini iyi ifade edebilir, Yabancı dil ve bilişim teknolojilerini yeterince bilir ve kullanır,
11 Kendi kendine öğrenme araştırma ve uygulama yeteneğini kazanır ve hayat boyu öğrenmeyi ilke edinir,
12 Genel kültüre sahip, ülkenin sosyal ve ekonomik yapısı konusunda bilgili ve duyarlı olmayı ilke edinir,
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 13 4 52
Ödevler 6 8 48
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 5 2 10
Ara sınavlara hazırlık 2 8 16
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 2 8 16
Yarıyıl sonu sınavı 2 2 4
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     187
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 50
Kısa sınav 0 0
Ödev 2 50
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı CADD and Molecular Modeling : Importance in Pharmaceutical Development Dr. Sanjeev Kumar Singh
Yardımcı Kaynaklar Receptor-ligand interactions (docking) Antonio Morreale

Ders İle İlgili Dosyalar