Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON İkinci Düzey KİM 651 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Şartsız
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Yok
Dersin Veriliş Şekli Yüzyüze
Dersin Amacı Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği
1 Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2 Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3 İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4 Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5 Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6 Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7 Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8 Ara sınav
9 Monte Carlo Simülasyon Metotları
10 Konformasyonal Analiz
11 Protein Yapı Tahmini
12 Ardışık Analiz ve Protein Bulma
13 Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
14 Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
15 Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
16 Final sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2 • Veri toplanması ve analizi
3 • Model Geliştirme
4 • Model Doğrulama ve Değiştirme
5 • Model Deneme ve Optimizasyon
6 • Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Etik değerler ve kalite bilinci çerçevesinde ulusal ve uluslararası taleplere cevap verecek nitelikte mühendisler yetiştirmek.
2 Endüstride ve araştırma kuruluşlarında, uygulama ve araştırma alanında kariyer hedeflerine uygun planlama yeteneğine sahip mühendisler yetiştirmek.
3 Teknik, ekonomik ve sosyolojik faktörleri dikkate alarak, mühendislik tasarım ve uygulamalarında özgün fikirler geliştirebilen, farklı disiplinlerle ortak çalışabilen, girişimci/yenlikçi mühendisler yetiştirmek.
4 Küresel boyutta bilimsel ve teknolojik gelişmelere uyum sağlayabilen, etkin iletişim kurma becerisi kazanmış mühendisler yetiştirmektir.
5 Matematik, fen ve mühendislik bilgilerini uygulama becerisi
6 Deney tasarımlama ve yapma ile deney sonuçlarını analiz etme ve yorumlama becerisi
7 İstenen gereksinimleri karşılayacak biçimde bir sistemi, parçayı ya da süreci tasarlama becerisi
8 Disiplinler arası takımlarda çalışabilme becerisi
9 Mühendislik problemlerini tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi
10 Mesleki ve etik sorumluluk bilinci
11 Etkin iletişim kurma becerisi
12 Mühendislik çözümlerinin, evrensel ve toplumsal boyutlarda etkilerini anlamak için gerekli genişlikte eğitim
13 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci ve bunu gerçekleştirebilme becerisi
14 Çağın sorunları hakkında bilgi
15 Mühendislik uygulamaları için gerekli olan teknikleri ve modern araçları kullanma becerisi
16 Bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleyebilecek temel alt yapıya sahip mühendis
17 Ulusal ve uluslararası taleplere uygun olarak uygulanabilir teknolojiler geliştiren mühendislik yeteneği
18 Mevcut ürün ve teknolojilerin her türlü verimliliğini geliştirici özgün fikirler geliştirme ve uygulama
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 13 4 52
Ödevler 6 8 48
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 5 2 10
Ara sınavlara hazırlık 2 8 16
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 2 8 16
Yarıyıl sonu sınavı 2 2 4
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     187
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 50
Kısa sınav 0 0
Ödev 2 50
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı CADD and Molecular Modeling : Importance in Pharmaceutical Development Dr. Sanjeev Kumar Singh
Yardımcı Kaynaklar Receptor-ligand interactions (docking) Antonio Morreale

Ders İle İlgili Dosyalar