Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON	Üçüncü Düzey	KİM 651	Seçmeli	1	7.50	7.50	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Şartsız
Eğitimin Dili	Türkçe
Koordinatör	PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	Yok
Dersin Veriliş Şekli	Yüzyüze
Dersin Amacı	Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı	The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği

1	Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2	Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3	İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4	Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5	Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6	Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7	Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8	Ara sınav
9	Monte Carlo Simülasyon Metotları
10	Konformasyonal Analiz
11	Protein Yapı Tahmini, Ardışık Analiz ve Protein Bulma
12	Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
13	Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
14	Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2	• Veri toplanması ve analizi
3	• Model Geliştirme
4	• Model Doğrulama ve Değiştirme
5	• Model Deneme ve Optimizasyon
6	• Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1	Yüksek Lisans düzeyindeki bilgi ve becerilerini, aynı veya farklı bir alanda uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve analiz edip, yorumlar.
2	Kendi alanında kullanılan modern araç ve gereçleri kullanmada ve geliştirmede uzmanlaşır.
3	Alanında edindiği bilgileri diğer disiplin alanlarından gelen bilgilerle sentezleyerek yorumlar ve yeni fikirler yaratır.
4	Alanında sahip olduğu üst düzey bilgi ve tecrübeyi, içinde bulunduğu koşullara uyarlayarak farklı araştırma yöntemlerini kullanır ve ortaya çıkan problemlere karşı bilimsel yaklaşımlar ve stratejiler geliştirir.
5	Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirir.
6	En az bir yabancı dili kullanarak alanıyla ilgili yabancı kaynaklara ulaşır, bilgilerini günceller ve meslektaşlarıyla dünya çapında sözlü, yazılı ve görsel iletişim kurar ve tartışır.
7	Alanı ile ilgili en az bir bilimsel makaleyi uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletir
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	13	3	39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	13	4	52
Ödevler	6	8	48
Sunum / Seminer hazırlama	0	0	0
Kısa sınavlar	5	2	10
Ara sınavlara hazırlık	2	8	16
Ara sınavlar	1	2	2
Proje (Yarıyıl ödevi)	0	0	0
Laboratuvar	0	0	0
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	2	8	16
Yarıyıl sonu sınavı	2	2	4
Araştırma	0	0	0
Toplam iş yükü			187
AKTS			7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	50
Kısa sınav	0	0
Ödev	2	50
Yarıyıl içi toplam		100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar