Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON İkinci Düzey KİM 651 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Şartsız
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Yok
Dersin Veriliş Şekli Yüzyüze
Dersin Amacı Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği
1 Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2 Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3 İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4 Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5 Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6 Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7 Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8 Ara sınav
9 Monte Carlo Simülasyon Metotları
10 Konformasyonal Analiz
11 Protein Yapı Tahmini, Ardışık Analiz ve Protein Bulma
12 Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
13 Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
14 Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2 • Veri toplanması ve analizi
3 • Model Geliştirme
4 • Model Doğrulama ve Değiştirme
5 • Model Deneme ve Optimizasyon
6 • Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Toprak Bilimi ve Bitki Besleme konularında evrensel boyutta bilgi sahibi olmak.
2 Toprak Bilimi ve Bitki Besleme konularında bağımsız araştırmalar yapabilme becerisini kazanmak.
3 Toprak Bilimi ve Bitki Besleme temelinde toprak, bitki, gübre, su ve çevresel atıkların analiz tekniklerini ileri düzeyde öğrenebilmek ve bu teknikleri toprak verimliliği ile ilgili sorunların çözümüne yönelik olarak kullanabilme becerisini kazanmak.
4 Doğal kaynakların izlenmesi ve planlanmasında Uzaktan Algılama ve Coğrafi Bilgi Sistemleri tekniklerini anlama ve kullanma becerisi kazanmak.
5 Arazi yönetimi ve kullanım planlaması konusunda temel kavramları ve kuramları anlama ve kullanma becerisi kazanmak.
6 Ülkemizde ve Dünya’da Toprak Bilimi ve Bitki Besleme alanındaki sorunları görebilme, analiz etme, çözüm üretme ve çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak topluma aktarma becerisini kazanmak.k.
7 Toprak Bilimi ve Bitki Besleme alanındaki ulusal ve uluslararası yenilikleri takip etmek ve kendisini sürekli yenilemek ve geliştirme becerisini kazanmak.
8 Uzmanlık alanı ile ilgili konularda elde ettiği bilgi ve deneyimi topluma aktarabilmek ve yayabilme becerisini kazanmak.
9 Mesleki uygulamalar sırasında elde ettiği bulguları ülke çıkarları ile tarım ve çevre korumayı gözeterek uygulayabilme becerisini kazanmak.
10 Toprak ve Bitki Besleme ile ilgili karşılaştığı sorunlara bilimsel düzeyde yaklaşma, çözüm önerilerini yöntemleriyle birlikte sunabilme ve yöntemleri uygulayarak sonuçlarını değerlendirebilme becerisi kazanma.
11 Toprak, su ve diğer doğal kaynakların tanınması, planlanması, korunması ve sürdürülebilir kullanımı ile iş sağlığı ve güvenliği konularında bilgi sahibi olmak.
12 Ziraat Mühendisliği Mesleğinin etik değerlerine ve gerekli bilimsel formasyona sahip bireyler olarak takım çalışması içerisinde yer alabilmek ve gerektiğinde sorumluluk üstlenebilmek
13 Yazılı ve sözlü iletişimde Türk dilini etkin kullanabilmek; alanıyla ilgili uluslararası literatürü izleyebilme ve iletişim kurabilme açısından yabancı dil ve bilgisayar bilgisine sahip olmak.
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 13 4 52
Ödevler 6 8 48
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 5 2 10
Ara sınavlara hazırlık 2 8 16
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 2 8 16
Yarıyıl sonu sınavı 2 2 4
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     187
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 50
Kısa sınav 0 0
Ödev 2 50
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar