Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON	İkinci Düzey	KİM 651		1	7.50	7.50	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Şartsız
Eğitimin Dili	Türkçe
Koordinatör	PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	Yok
Dersin Veriliş Şekli	Yüzyüze
Dersin Amacı	Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı	The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği

1	Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2	Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3	İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4	Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5	Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6	Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7	Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8	Ara sınav
9	Monte Carlo Simülasyon Metotları
10	Konformasyonal Analiz
11	Protein Yapı Tahmini
12	Ardışık Analiz ve Protein Bulma
13	Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
14	Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
15	Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
16	Final sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2	• Veri toplanması ve analizi
3	• Model Geliştirme
4	• Model Doğrulama ve Değiştirme
5	• Model Deneme ve Optimizasyon
6	• Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1	mesleki rol ve işlevlerini yerine getirmek için gerekli kuramsal ve uygulama bilgilerine sahiptir.
2	Uygulamalarla ilgili yasa yönetmelik ve mevzuatı dikkate alır
3	Mesleki etik ilke ve değerlere uygun davranır
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	13	3	39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	13	4	52
Ödevler	6	8	48
Sunum / Seminer hazırlama	0	0	0
Kısa sınavlar	5	2	10
Ara sınavlara hazırlık	2	8	16
Ara sınavlar	1	2	2
Proje (Yarıyıl ödevi)	0	0	0
Laboratuvar	0	0	0
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	2	8	16
Yarıyıl sonu sınavı	2	2	4
Araştırma	0	0	0
Toplam iş yükü			187
AKTS			7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	50
Kısa sınav	0	0
Ödev	2	50
Yarıyıl içi toplam		100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı	CADD and Molecular Modeling : Importance in Pharmaceutical Development Dr. Sanjeev Kumar Singh
Yardımcı Kaynaklar	Receptor-ligand interactions (docking) Antonio Morreale

Ders İle İlgili Dosyalar