Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi D.TİPİ AKTS Kredisi Ders Bilgileri
MOLEKÜLER MODELLEME VE SİMÜLASYON Birinci Düzey KİM 651 1 7.50 7.50 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Şartsız
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Yok
Dersin Veriliş Şekli Yüzyüze
Dersin Amacı Kuantum kimya problemlerinin çeşitli tiplerini çözmede, simülasyonunun (benzeşmesinin) kurallarını tanıtacağız ve onun yardımcı programlarını açıklayacağız. Bir simülasyon analizini kurmak için gerekli adamlar tanımlanmıştır. Simülasyon içinde modellemenin önemli rolü üzerinde odaklanacağız.
Dersin Tanımı The objective of this course will serve to: enhance the student’s scientific knowledge particularly regarding interactions of molecular systems, quantitative literacy using quantitative analysis as a basis of problem solving through the writing of computer programs with clarity, logic and careful thought. Understanding alternative ways in which a problem may be conceptualized in a programming solution will foster comprehensive integration.

Dersin İçeriği
1 Moleküler Modellemede Faydalı Konular
2 Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3 İleri AB_Initio Metotları, Density Fonksiyon Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği
4 Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik
5 Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu
6 Hesaplamalı Simülasyon Metotlar
7 Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar
8 Ara sınav
9 Monte Carlo Simülasyon Metotları
10 Konformasyonal Analiz
11 Protein Yapı Tahmini
12 Ardışık Analiz ve Protein Bulma
13 Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması
14 Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı
15 Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi.
16 Final sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Bir simülasyon incelemesi içinde elementler şunlardır: • Problem oluşumu
2 • Veri toplanması ve analizi
3 • Model Geliştirme
4 • Model Doğrulama ve Değiştirme
5 • Model Deneme ve Optimizasyon
6 • Simülasyon Sonuçlarının Gerçekleştirilmesi
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 İnsan bedeninin normal fiziksel ve psikolojik işleyişinin ana basamaklarını bilir.
2 Fiziksel, biyolojik, kültürel ve sosyal çevre faktörlerinin insan sağlığına etkilerini açıklayabilir. Bireyleri çevresiyle bir bütün olarak değerlendirir.
3 Hastalık ve yaralanmaların hücre, doku ve organlarda oluşturduğu yapısal ve fonksiyonel değişiklikleri ve bunların yol açtığı semptom ve bulguları açıklayabilir.
4 Çağdaş hekimlik anlayışına uygun hasta yönetiminin gerektirdiği hekimlik becerilerini (tanı, tedavi, izlem, rehabilitasyon ve acil girişim) bilir ve uygular.
5 Tıbbi uygulamalarını maliyet – etkili yaklaşımlara dayandırır.
6 Sevk edilmesi gereken hastaları seçebilir ve uygun koşullarda sevk edebilir.
7 Birey ve toplum sağlığını korumaya ve geliştirmeye yönelik temel ilkeleri bilir ve uygular.
8 Sağlık hizmetlerinin sunumunda güncel uygulamaları ve hukuki düzenlemeleri bilir.
9 Mevcut düzenlemelere uygun şekilde tıbbi ve adli kayıt tutabilir ve gerekli bildirimleri yapabilir.
10 Mesleğini uygularken hastalar, hasta yakınları, meslektaşları, diğer sağlık çalışanları ve diğer paydaşlarla etkin iletişim kurar.
11 İnsani ve mesleki değerlerle etik ilkelere uygun davranır.
12 Bilgi ve iletişim teknolojilerini etkin biçimde kullanır.
13 Hekimlik mesleğinde yaşam boyu öğrenmenin önemini bilir, farklı kaynaklardan güvenilir bilgiye ulaşabilir ve elde ettiği bilgileri eleştirel yaklaşımla yorumlayabilir.
14 Sağlık hizmetlerinin sunumunda kullanılan alet ve cihazlar hakkında bilgi sahibidir, birinci basamak koşullarında kullanılması beklenen alet ve cihazları kullanabilir.
15 Bilimsel araştırma planlayabilir, verileri toplayabilir, değerlendirebilir, araştırma raporu hazırlayabilir, hazırladığı raporu yurt içi veya yurt dışı bir dergide yayınlayabilir veya bir bilimsel toplantıda sunabilir.
16 Türkçeyi doğru ve etkili biçimde kullanır.
17 En az bir yabancı dili; mesleksel literatürü anlayacak, yorumlayacak ve öğrendiklerini hekimlik uygulamalarına taşıyabilecek düzeyde kullanabilir.
18 Temel yöneticilik ve liderlik becerilerine sahiptir.
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 13 3 39
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 13 4 52
Ödevler 6 8 48
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 5 2 10
Ara sınavlara hazırlık 2 8 16
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 2 8 16
Yarıyıl sonu sınavı 2 2 4
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     187
AKTS     7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 50
Kısa sınav 0 0
Ödev 2 50
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı CADD and Molecular Modeling : Importance in Pharmaceutical Development Dr. Sanjeev Kumar Singh
Yardımcı Kaynaklar Receptor-ligand interactions (docking) Antonio Morreale

Ders İle İlgili Dosyalar