Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
İLERİ GENOM BİYOİNFORMATİĞİ	Üçüncü Düzey	TBT604		2	7.50	7.50	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Yok
Eğitimin Dili	Türkçe
Koordinatör
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	Yok
Dersin Veriliş Şekli	Yüz yüze
Dersin Amacı	Bu dersin temel amacı, öğrencilere genom biyoinformatiği alanında bir temel ve yetkinlik kazandırmaktır. Ders, öğrencilere genetik veri analizi, genomik bilgi madenciliği ve biyoinformatik araçlarını etkili bir şekilde kullanma becerilerini geliştirmek üzerine odaklanmıştır. Dersin özel hedefleri; Temel Kavramlar: Öğrenciler, genom biyoinformatiği alanındaki temel kavramları anlayarak genetik bilginin analizine dair bir temel oluşturacaktır. Veri Analizi Becerileri: Ders, öğrencilere çeşitli genetik veri tiplerini analiz etme yeteneği kazandıracaktır. Bu, genomik dizileme verilerinin yorumlanması, genom varyant analizi ve diğer ilgili analizlerin içermesiyle sağlanacaktır. Biyoinformatik Araçlar: Öğrenciler, biyoinformatik araçlarını etkili bir şekilde kullanmayı öğrenerek, genom analizi ve yorumlama süreçlerinde bu araçları nasıl entegre edeceklerini anlamış olacaklardır. Proje Yürütme Yeteneği: Ders, öğrencilere kendi araştırma projelerinde genom biyoinformatiği araçlarını kullanma becerisi kazandırmayı hedeflemektedir. Öğrenciler, dersin sonunda kendi araştırma sorularını belirleyip bu soruları yanıtlamak için biyoinformatik yöntemleri uygulama konusunda yetkin olacaklardır. Genom Evrimi ve Varyasyonları: Ders, öğrencilere genom evrimi ve varyasyonları konularında derinlemesine bilgi sunarak, biyolojik türler arasındaki genetik farklılıkları anlama yeteneğini artıracaktır. Bu ders, öğrencilere biyoinformatik alanında güçlü bir temel sağlayarak, genetik bilgiyi anlama ve analiz etme konusunda bilgi ve beceri kazandırmayı amaçlamaktadır.
Dersin Tanımı	"Genom Biyoinformatiği" dersi, biyolojik bilimlerin modern araştırma alanlarından biri olan biyoinformatiğin temel kavramlarını, yöntemlerini ve araçlarını öğrencilere tanıtmak amacıyla tasarlanmıştır. Bu ders, disiplinler arası bir yaklaşımı benimseyerek, biyoinformatiğin temel ilkelerini ve uygulamalarını geniş bir perspektiften ele almaktadır. Ders, öğrencilere genetik ve genomik verileri etkili bir şekilde kullanma, analiz etme ve yorumlama becerisi kazandırarak, modern biyoinformatik uygulamalarını Kullanabilme kabiliyeti sağlayacaktır.

Dersin İçeriği

1	Giriş ve Temel Kavramlar Biyoinformatik ve Genom Biyoinformatiği Nedir? Temel Biyoloji Kavramları Gözden Geçirme
2	Giriş ve Temel Kavramlar Genomik Veri Türleri ve Biyoinformatik Araçlar
3	Genomik Veri Analizi Temelleri DNA Dizileme Teknolojileri
4	Genomik Veri Analizi Temelleri Dizileme Verisi Kalitesi ve Temizleme İşlemleri Temel Genomik Veri Analizi: Dizileme Verisinin Hizalanması ve Temel İstatistikler
5	Genom Varyant Analizi SNP (Tek Nükleotid Polimorfizmi) Analizi İnsert-delesyon ve Strüktürel Varyantlar
6	Genom Varyant Analizi İnsert-delesyon ve Strüktürel Varyantlar Varyant Çağrısı ve Filtrasyon Stratejileri
7	Genomik Veri Görselleştirme Genom Görselleştirme Araçları ve Yaklaşımlar
8	Genomik Veri Görselleştirme Genetik Haritalar ve Genomik Dizilimlerin Görselleştirilmesi
9	Genom Evrimi ve Varyasyonları Genomik Evrim Temelleri Popülasyon Genetiği ve Genom Varyasyonları
10	Genom Evrimi ve Varyasyonları Genomik Evrim Temelleri Filogenetik Analizler
11	Biyolojik Veri Tabanları ve Annotasyon Genom Veri Tabanları ve Kaynakları Veri Tabanları Üzerinde Çalışma: Case Studies
12	Biyolojik Veri Tabanları ve Annotasyon Genom Annotasyonu: Gen ve Protein Fonksiyonları Veri Tabanları Üzerinde Çalışma: Case Studies
13	Araştırma Konusu ve Sunumlar Öğrenciler, öğrendikleri bilgileri kullanarak küçük bir araştırma projesi yürütme Proje Sonuçlarının Analizi ve Sunumu
14	Araştırma Konusu ve Sunumlar Öğrenciler, öğrendikleri bilgileri kullanarak küçük bir araştırma projesi yürütme, Biyoinformatik Uygulamaları ve Gelecekteki Yönelimler
15	Ölçme ve Değerlendirme Sınavları
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Öğrenci, genom biyoinformatiği araçlarını kullanarak genetik verileri analiz edebilecek ve bu analizlerle ilgili temel kavramları anlayacak. Genom varyantları ve evrimi üzerine temel bilgi sahibi olacak, bu konularda analiz yeteneklerini geliştirecek.
2	Öğrenci, çeşitli biyoinformatik araçları etkili bir şekilde kullanabilme yeteneği kazanacak. Genomik veri analizi için yaygın olarak kullanılan araçları anlayacak ve bu araçları bağımsız olarak uygulayabilecek.
3	Öğrenci, genomik veriyi anlamak ve sunmak için görselleştirme araçlarını etkili bir şekilde kullanabilecek. Genetik haritalar ve dizilim görselleştirmeleri konusunda yetkinlik kazanacak.
4	Ders, biyoinformatiği biyolojik bilimlerle entegre ederek öğrencilere disiplinler arası bir bakış açısı kazandıracak. Öğrenci, biyoloji ve bilgisayar bilimleri arasındaki etkileşimi anlayarak biyolojik problemlere çözümler sunabilecek.
5
6
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1	Lisans programında edinilen birikime dayalı olarak, Gıda Mühendisliği bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirmek ve derinleştirmek.
2	Bilimsel araştırma planlama, uygulama ve değerlendirme becerilerine sahip olmak.
3	Değişik disiplinlere ait bilgileri Gıda Mühendisliği alanında edindiği bilgilerle harmanlayabilmek.
4	Proses ve süreç tasarımlarında yeni ve uygulama alanı bulabilecek fikir geliştirme ve uygulayabilme becerisine sahip olmak.
5	Gıda teknolojisinde uygulanan son teknolojiler hakkında kapsamlı bilgiye sahip olmak.
6	Lisans seviyesinde ders verebilme yetisibe sahip olmak.
7	Bilişim teknolojisinden (sunum, yazım, istatistik ve grafik programları) etkin bir şekilde yararlanabilmek.
8	Alanı ile ilgili bir problemin çözümünde sorumluluk alabilecek yetkinliğe sahip olmak.
9	Bilimsel çalışmalarda eksik noktaları belirleyerek, çözüm noktasında izleyeceği yolun tayinini gerçekleştirebilecek altyapıya sahip olmak.
10	Uluslarası literatürü takip edebilecek terminolojiye hakim olmak.
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	3	14	42
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	3	14	42
Ödevler	2	14	28
Sunum / Seminer hazırlama	2	14	28
Kısa sınavlar	0	0	0
Ara sınavlara hazırlık	1	14	14
Ara sınavlar	1	1	1
Proje (Yarıyıl ödevi)	0	0	0
Laboratuvar	0	0	0
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	2	14	28
Yarıyıl sonu sınavı	1	1	1
Araştırma	0	0	0
Toplam iş yükü			184
AKTS			7.50

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	40
Kısa sınav	0	0
Ödev	0	0
Yarıyıl içi toplam		40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı	Ders kitabı: 1. "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis"David W. Mount, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004 2. Genomik Analiz İçin Biyoinformatik Yöntemler, Palme Yayınevi
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar

DBP Hakkında

Ders Hakkında

Bölüm Hakkında