Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
VETERİNER PARAZİTOLOJİDE BİYOİNFORMATİK Üçüncü Düzey VPZ 549 1 4.00 4.00 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Yalnızca lisans mezunu öğrenciler kabul edilir.
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Dr. Öğr. Üyesi Gamze ÖZKAYA, Öğr. Gör. Dr. Sadullah USLU
Dersin Veriliş Şekli Dersler teorik olacaktır.
Dersin Amacı Bu dersin amacı öğrencilere biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoinformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışını öğretmektir.
Dersin Tanımı Bu ders, parazitoloji ile biyoenformatik disiplinlerini birleştirerek veteriner hekimlikte paraziter hastalıkların araştırılmasına modern bir bakış sunar.

Dersin İçeriği
1 Biyoinformatiğe giriş
2 Bilgiye ulaşmak
3 İki DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment
4 BLAST
5 BLAST
6 SINAV
7 Çoklu dizi analizi-karşılaştırması
8 Moleküler filogeni ve evrim
9 Moleküler filogeni ve evrim
10 RNA için biyoinformatik yöntemler
11 Mikroarray veri analizi, protein yapısı
12 Genomik ve proteomik
13
14
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Veri tabanlarını ve literatürü etkin şekilde kullanabilir.
2 Genomik, proteomik ve biyoformatik terimlerini açıklayabilir.
3 İki dizinin alignment’ını uygulayabilir ve yorumlayabilir.
4 BLAST aramaları gerçekleştirebilir ve sonuçları değerlendirebilir.
5 MSA ile korunan bölgeleri ve motifleri belirleyebilir.
6 Filogenetik ağaç oluşturup evrimsel ilişkileri yorumlayabilir.
7 mikroarray/ifade verisi ve temel RNA analiz yöntemlerini uygulayabilir.
8 Genomik ve proteomik verileri entegre edip biyolojik çıkarım yapabilir.
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Besin Hijyeni ve Teknolojisi alanında temel ve yeterli bilgi birikimine sahip olur, öğrendiği bilgileri etkin olarak kullanabilir
2 Mesleğini uygularken bilimsel ve mesleki etik kurallarını ve hayvan haklarını gözetir
3 Yeterli bilgi birikimi ve deneyimiyle karşılaştığı problemler ile ilgili çözüm üretebilir ve uygulayabilir
4 Birey ve halk sağlığı açısından koruyucu hekimliğin temel kurallarını bilir ve uygulayabilir
5 Veteriner hekimlik alanındaki halk sağlığı çiftlikten sofraya gıda güvenliği ve teknolojisi konularında yeterli bilgi ve beceri kazanır
6 Besin Hijyeni ve Teknolojisi ile ilgili mevzuatı bilir ve mesleki problemleri farklı bakış açılarından analiz edebilir
7 Meslektaşları, diğer meslek mensupları ve gıda endüstris çalışanları ile iyi iletişim kurabilir
8 Yazılı ve sözlü olarak kendisini iyi ifade edebilir, Yabancı dil ve bilişim teknolojilerini yeterince bilir ve kullanır
9 Kendi kendine öğrenme araştırma ve uygulama yeteneğini kazanır ve hayat boyu öğrenmeyi ilke edinir
10 Genel kültüre sahip, ülkenin sosyal ve ekonomik yapısı konusunda bilgili ve duyarlı olmayı ilke edinir
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 14 2 28
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 0 0 0
Ödevler 0 0 0
Sunum / Seminer hazırlama 4 16 64
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 1 4 4
Ara sınavlar 1 1 1
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 1 1 1
Yarıyıl sonu sınavı 1 1 1
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     99
AKTS     4.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 100
Kısa sınav 0 0
Ödev 0 0
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı
Yardımcı Kaynaklar http://bioinfbook.org/ Zvelebil M, Baum J (2007) Understanding bioinformatics. Garland Science, New York, NY. ISBN 978-0815340249

Ders İle İlgili Dosyalar