Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
BİYOİNFORMATİK	Birinci Düzey	BİY404		8	4.00	4.00	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Yok
Eğitimin Dili	Türkçe
Koordinatör
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	Prof. Dr. Servet ÖZCAN
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	-
Dersin Veriliş Şekli	Yüz yüze
Dersin Amacı	Dersi yeni alan öğrencilere kapsamlı temel yöntem ve teknikleri tanıtmak, öğrencilere bu alanla ilgili bilgi sunmak ve biyoinformatik alanı içerisinde en güncel konuları tartışmaktır.
Dersin Tanımı	Biyoinformatik disiplinlerarası bir alan olup biyolojik sistemlerle ve biyolojik verilerin (örneğin DNA, protein dizilimi, makromoleküler yapılar ve fonksiyonel genomik dataları vb) matematik, istatistik ve bilgisayar bilimlerini kullanarak teorik ve pratik analizi temeline dayanmaktadır. Dersin ana başlıkları içerisinde; moleküler genetik, biyolojik veri bankaları, veri bankalarının taranması, DNA ve protein dizilim eşleştirilmesi, filogenetik ağaçlandırma, moleküler yapısal öngörüm, mikroerrey ve proteomik analizleri içermektedir.

Dersin İçeriği

1	Genom projelerine genel bakış
2	Bilgisayar ortamı ve temel data yapısına giriş
3	DNA izolasyonu, PCR çoğaltması, gel elektroforezi ve bilgisayar işlemleri
4	Dizilim eşleştirilmesi ve araştırılması
5	DNA dizilerinin databankası araştırılması, programlar (BLAST, PAUP, BioEdit)
6	Filogenetik ağaç oluşturulması
7	Projelerin sınıf ortamında sunulması
8	ARA SINAV
9	Protein yapılarına genel bakış ve terminolojisi
10	Protein motif analizleri, ortolog gruplar, protein sınıflandırılması, yapısal tahmin, distans matriks analizi, dinamik programlama.
11	Grup çalışması; proteinlerin ikincil yapılarının tahmini ve raporların sunulması
12	Mikroarray teknolojisine genel bakış, gen ontolojisi, gruplama metotları, data analizi
13	Gen ontolojisini kullanarak mikroarray data bankalarının araştırılması
14	Grup çalışması; mikroarray verilerinin indirilmesi ve analizi
15	Dönem ödevinin seminer şeklinde sunulması
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Biyoinformatigin tanımlanması; komputasyonal kullanıma olan ihtiyacın nedenlerini yorumlayabilir.
2	www tabanlı veri bankaları kullanarak biyolojik konuda bilgi sahibi olur.
3	BLAST programını kullanarak bir dizinin veritabanında benzerlerini bularak arama sonuçları değerlendirebilir.
4	ClustalW programı ile çoklu dizi hizalaması yapabilir, dizilerdeki benzer alanları yorumlayabilirler.
5	UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak herhangi bir canlıdaki ismi bilinen bir proteinin dizisini elde edebilirler.
6	UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak bir protein ile ilgili detaylı biyokimyasal bilgiye ulaşabilirler.
7	GenBank servislerini kullanarak, bir gen hakkında fonksiyonu da dahil olmak üzere detaylı bilgiye ulaşabilirler.
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1	Güncel sanat kavramlarını anlamak ve ilişkiler kurarak açıklayabilmek
2	Müzik sanatının temel dinamiklerini anlamak, tarihini öğrenmek ve güncelle ilişkilendirebilmek
3	Alanının terminolojisini öğrenmek, kendi yazı ve sunularında sanatın dilini etkili kullanmak
4	Alanında kullanılan yeni yöntem -teknikleri bilmek ve özgün çalışmaların gerçekleştirilebilmesinde kullanabilmek
5	Araştırma yöntem - tekniklerini bilmek ve alanında uygulayabilmek
6	Alanında proje geliştirmek, projesini uygulayarak hayata geçirebilmek
7	Etik kurallara uymak ve sosyal sorumluluk bilinci taşıyabilmek
8	Alanında paylaşıma açık sanatsal etkinlikler düzenlemek; Yaptığı çalışmaları etkili bir şekilde sunabilmek
9	Güncel yayınları, oluşum ve aktiviteleri (konserleri) takip etmek, katılımcı olabilmek
10	Evrensel, ulusal, yerel sanat ve tasarım değerlerinin farkında olabilmek
11	Herhangi bir sanatsal etkinliği (konser, dinleti vb.) çözümleyici ve eleştirel bakış açısı ile değerlendirebilmek
12	Alanın gerektirdiği bilgisayar programlarını, bilişim ve iletişim teknolojilerini sanatsal anlamda kullanabilmek
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	14	3	42
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	14	1	14
Ödevler	2	4	8
Sunum / Seminer hazırlama	1	4	4
Kısa sınavlar	0	0	0
Ara sınavlara hazırlık	1	8	8
Ara sınavlar	1	2	2
Proje (Yarıyıl ödevi)	3	2	6
Laboratuvar	0	0	0
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	1	12	12
Yarıyıl sonu sınavı	1	2	2
Araştırma	1	5	5
Toplam iş yükü			103
AKTS			4.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	100
Kısa sınav	0	0
Ödev	0	0
Yarıyıl içi toplam		100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı	www resources at the NCBI; EMBL, EGGE, ExPASY, BLAST, PAUP, BioEdit etc. Leving, B. Genes IX, 9th ad., Oxford University Press, Oxford, UK, 2008. Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., and Peter Walter, P. Molecular Biology of the Cell, 4th ed. 2002. Garland Science, New York, USA, 2002.
Yardımcı Kaynaklar	Paul M. Selzer , Richard J. Marhofer , Oliver Koch. Uygulamalı Biyoinformatik Giriş. 2019.

Ders İle İlgili Dosyalar