Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
BİYOİNFORMATİK Birinci Düzey BİY404 8 4.00 4.00 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Yok
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. SERVET ÖZCAN
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı Prof. Dr. Servet ÖZCAN
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı -
Dersin Veriliş Şekli Yüz yüze
Dersin Amacı Dersi yeni alan öğrencilere kapsamlı temel yöntem ve teknikleri tanıtmak, öğrencilere bu alanla ilgili bilgi sunmak ve biyoinformatik alanı içerisinde en güncel konuları tartışmaktır.
Dersin Tanımı Biyoinformatik disiplinlerarası bir alan olup biyolojik sistemlerle ve biyolojik verilerin (örneğin DNA, protein dizilimi, makromoleküler yapılar ve fonksiyonel genomik dataları vb) matematik, istatistik ve bilgisayar bilimlerini kullanarak teorik ve pratik analizi temeline dayanmaktadır. Dersin ana başlıkları içerisinde; moleküler genetik, biyolojik veri bankaları, veri bankalarının taranması, DNA ve protein dizilim eşleştirilmesi, filogenetik ağaçlandırma, moleküler yapısal öngörüm, mikroerrey ve proteomik analizleri içermektedir.

Dersin İçeriği
1 Genom projelerine genel bakış
2 Bilgisayar ortamı ve temel data yapısına giriş
3 DNA izolasyonu, PCR çoğaltması, gel elektroforezi ve bilgisayar işlemleri
4 Dizilim eşleştirilmesi ve araştırılması
5 DNA dizilerinin databankası araştırılması, programlar (BLAST, PAUP, BioEdit)
6 Filogenetik ağaç oluşturulması
7 Projelerin sınıf ortamında sunulması
8 ARA SINAV
9 Protein yapılarına genel bakış ve terminolojisi
10 Protein motif analizleri, ortolog gruplar, protein sınıflandırılması, yapısal tahmin, distans matriks analizi, dinamik programlama.
11 Grup çalışması; proteinlerin ikincil yapılarının tahmini ve raporların sunulması
12 Mikroarray teknolojisine genel bakış, gen ontolojisi, gruplama metotları, data analizi
13 Gen ontolojisini kullanarak mikroarray data bankalarının araştırılması
14 Grup çalışması; mikroarray verilerinin indirilmesi ve analizi
15 Dönem ödevinin seminer şeklinde sunulması
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Biyoinformatigin tanımlanması; komputasyonal kullanıma olan ihtiyacın nedenlerini yorumlayabilir.
2 www tabanlı veri bankaları kullanarak biyolojik konuda bilgi sahibi olur.
3 BLAST programını kullanarak bir dizinin veritabanında benzerlerini bularak arama sonuçları değerlendirebilir.
4 ClustalW programı ile çoklu dizi hizalaması yapabilir, dizilerdeki benzer alanları yorumlayabilirler.
5 UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak herhangi bir canlıdaki ismi bilinen bir proteinin dizisini elde edebilirler.
6 UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak bir protein ile ilgili detaylı biyokimyasal bilgiye ulaşabilirler.
7 GenBank servislerini kullanarak, bir gen hakkında fonksiyonu da dahil olmak üzere detaylı bilgiye ulaşabilirler.
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Matematik, fen bilimleri ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi.
2 Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi.
3 Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlama becerisi; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi.
4 Mühendislik uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi.
5 Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi.
6 Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi; bireysel çalışma becerisi.
7 Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma becerisi; en az bir yabancı dil bilgisi; etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilme, etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi.
8 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi.
9 Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi.
10 Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi; girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi.
11 Mühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık.
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 14 3 42
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 14 1 14
Ödevler 2 4 8
Sunum / Seminer hazırlama 1 4 4
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 1 8 8
Ara sınavlar 1 2 2
Proje (Yarıyıl ödevi) 3 2 6
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 1 12 12
Yarıyıl sonu sınavı 1 2 2
Araştırma 1 5 5
Toplam iş yükü     103
AKTS     4.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 100
Kısa sınav 0 0
Ödev 0 0
Yarıyıl içi toplam   100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı www resources at the NCBI; EMBL, EGGE, ExPASY, BLAST, PAUP, BioEdit etc. Leving, B. Genes IX, 9th ad., Oxford University Press, Oxford, UK, 2008. Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., and Peter Walter, P. Molecular Biology of the Cell, 4th ed. 2002. Garland Science, New York, USA, 2002.
Yardımcı Kaynaklar Paul M. Selzer , Richard J. Marhofer , Oliver Koch. Uygulamalı Biyoinformatik Giriş. 2019.

Ders İle İlgili Dosyalar