Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
BİYOİNFORMATİĞE GİRİŞ	Birinci Düzey	BİY492		8	3.00	3.00	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Genetik II ve Biyokimya önerilir
Eğitimin Dili	Türkçe
Koordinatör
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	DOÇ. DR. SERVET ÖZCAN
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	yok
Dersin Veriliş Şekli	Yüz yüze; Ders haftada 50 şer dakika olmak üzere üç defada işlenecektir. Öğrenciler konularla ilgili www kaynaklı biyoinformatik sitelerinde belirtilen kaynakları kullanmaları konusunda teşvik edilecek. Tartışmalar ders planında belirtilen konuları kapsayacaktır.
Dersin Amacı	Dersi yeni alan örgencilere kapsamlı temel yöntem ve teknikleri tanıtmak, öğrencilere bu alanla ilgili bilgi sunmak ve biyoinformatik alanı içerisinde en güncel konuları tartışmaktır.
Dersin Tanımı	Biyoinformatik disiplinlerarası bir alan olup biyolojik sistemlerle ve biyolojik verilerin (örneğin DNA, protein dizilimi, makromoleküler yapılar ve fonksiyonel genomik dataları vb) matematik, istatistik ve bilgisayar bilimlerini kullanarak teorik ve pratik analizi temeline dayanmaktadır. Dersin ana başlıkları içerisinde; moleküler genetik, biyolojik veri bankaları, veri bankalarının taranması, DNA ve protein dizilim eşleştirilmesi, filogenetik ağaçlandırma, moleküler yapısal öngörüm, mikroerrey ve proteomic analizleri içermektedir.

Dersin İçeriği

1	Genom projelerine genel bakış
2	Bilgisayar ortamı ve temel data yapısına giriş
3	DNA izolasyonu, PCR çoğaltması, gel elektroforezi ve bilgisayar işlemleri
4	Dizilim eşleştirilmesi ve araştırılması
5	DNA dizilerinin databankası araştırılması, programlar (BLAST, PAUP, BioEdit)
6	Filogenetik ağaç oluşturulması
7	Projelerin sınıf ortamında sunulması
8	Protein yapılarına genel bakış ve terminolojisi
9	Protein motif analizleri, ortolog gruplar, protein sınıflandırılması, yapısal tahmin, distans matriks analizi, dinamik programlama.
10	Grup çalışması; proteinlerin ikincil yapılarının tahmini ve raporların sunulması
11	Mikroarray teknolojisine genel bakış, gen ontolojisi, gruplama metotları, data analizi
12	Gen ontolojisini kullanarak mikroarray data bankalarının araştırılması
13	Grup çalışması; mikroarray verilerinin indirilmesi ve analizi
14	Dönem ödevinin seminer şeklinde sunulması
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Biyoinformatigin tanımlanması; köputasyonal kullanıma olan ihtiyacın nedenlerini yorumlayabilir
2	www tabanlı veri bankaları kullanarak biyolojik konuda bilgi sahibi olur
3	BLAST programını kullanarak bir dizinin veritabanında benzerlerini bularak arama sonuçları değerlendirebilir
4	ClustalW programı ile çoklu dizi hizalaması yapabilir, dizilerdeki benzer alanları yorumlayabilirler
5	UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak herhangi bir canlıdaki ismi bilinen bir proteinin dizisini elde edebilirler
6	UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak bir protein ile ilgili detaylı biyokimyasal bilgiye ulaşabilirler
7	GenBank servislerini kullanarak, bir gen hakkında fonksiyonu da dahil olmak üzere detaylı bilgiye ulaşabilirler
8	Haritalama yapabilir, kromozomda genin bulunduğu alanı ve komşu genleri tespit edebilirler
9	Biyoinformatik ve Omic’in gelişim sürecini değerlendirebilir
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1	Rus dili, edebiyatı, tarihi ve kültürü alanlarında kuramsal ve uygulamalı bilgiye sahiptir; bu bilgiyi akademik ve mesleki süreçlerde etkili biçimde kullanır.
2	Rus dili ve edebiyatıyla ilgili yazılı ve sözlü sunumları akademik düzeyde hazırlar ve sunar; düşüncelerini farklı ortamlarda açık ve etkili biçimde ifade eder.
3	Edebi türleri, dönemleri ve temsilcilerini tarihsel ve kültürel bağlamlarıyla birlikte analiz eder; eleştirel bir perspektifle değerlendirir.
4	Rusça-Türkçe ve Türkçe-Rusça metinleri, dilin yapısal ve anlamsal özelliklerini dikkate alarak çevirir; çeviri sürecinde kuramsal bilgi ve etik ilkeleri uygular.
5	Disiplinlerarası yaklaşımları kullanarak edebiyat ve kültür metinlerini çağdaş kuramlar çerçevesinde yorumlar ve analiz eder.
6	Bağımsız araştırma yapar, edebi ve dilsel meseleleri çözümleyici bir yaklaşımla ele alır; akademik yazım ve yayın ilkelerine uygun ürünler üretir.
7	Kültürlerarası farklılıklara duyarlı bir yaklaşım geliştirir; Rus ve Türk kültürlerini karşılaştırmalı olarak değerlendirir.
8	Güncel bilgi teknolojileri ve dijital kaynakları kullanarak veri toplar, analiz eder ve bu verileri eğitim-öğretim ve mesleki ortamlarda paylaşır.
9	Rus dili ve edebiyatı bilgisini kamu ve özel sektördeki mesleki uygulamalara aktarır; çeşitli alanlarda istihdam edilebilirlik becerisi geliştirir.
10	Kültürel ve sanatsal etkinliklerin planlanması ve uygulanmasında aktif rol alır; topluma katkı sağlayan sosyal projeler geliştirir.
11	Bireysel ve ekip çalışmasına yatkındır; akademik ve mesleki ortamlarda iş birliği içinde çalışır.
12	Evrensel etik değerleri benimser; dil, ırk, cinsiyet, inanç ve sosyal statü farkı gözetmeksizin saygılı, duyarlı ve kapsayıcı bir tutum sergiler.
13
14	.
15	.
16	.
17	.
18	.
19	.
20	.
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	14	2	28
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	5	1	5
Ödevler	3	1	3
Sunum / Seminer hazırlama	1	1	1
Kısa sınavlar	1	1	1
Ara sınavlara hazırlık	1	4	4
Ara sınavlar	1	2	2
Proje (Yarıyıl ödevi)	1	3	3
Laboratuvar	0	0	0
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	1	5	5
Yarıyıl sonu sınavı	1	2	2
Araştırma	2	5	10
Toplam iş yükü			64
AKTS			3.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	50
Kısa sınav	3	25
Ödev	1	25
Yarıyıl içi toplam		100
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı	1- www resources at the NCBI; EMBL, EGGE, ExPASY, BLAST, PAUP, BioEdit etc. 2- Leving, B. Genes IX, 9th ad., Oxford University Press, Oxford, UK, 2008. 3- Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., and Peter Walter, P. Molecular Biology of the Cell, 4th ed. 2002. Garland Science, New York, USA, 2002.
Yardımcı Kaynaklar	Haftalık konuların ppt sunumları dersten bir hafta önce dağıtılmakta ve internet ortamından yararlanabilecekleri kaynaklar da temin edilmektedir. Ayrıca, konu kapsamında sağlanan dokümantasyonların sınıf içerisinde tartışılması sağlanmaktadır.

Ders İle İlgili Dosyalar

DBP Hakkında

Ders Hakkında

Bölüm Hakkında