Erciyes University - Info Package

Dersin Adı	Dersin Seviyesi	Dersin Kodu	Dersin Tipi	Dersin Dönemi	Yerel Kredi	AKTS Kredisi	Ders Bilgileri
PROTEOMİK	Üçüncü Düzey	TBT410		8	4.00	4.00	Yazdır

Dersin Tanımı

Ön Koşul Dersleri	Yok
Eğitimin Dili	Türkçe
Koordinatör	PROF. DR. SEMİH YILMAZ
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı	PROF. DR. SEMİH YILMAZ
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı	Arş. Gör. AHMET ENES URAY
Dersin Veriliş Şekli	Yüz yüze, interaktif
Dersin Amacı	Proteomik dersinin temel amacı, bir organizmanın, dokunun veya hücrenin belirli bir andaki tüm protein tamamlayıcısını (proteom) sistem çapında ve büyük ölçekte analiz etmektir. Bu disiplin, genlerin "statik" kodlarının ötesine geçerek hücresel süreçlerin gerçek yürütücüleri olan proteinlerin miktarlarını, işlevlerini ve birbirleriyle olan etkileşimlerini incelemeyi hedefler. Proteomik ve genomik alanındaki güncel araştırmalar, yüksek çözünürlüklü kütle spektrometrisi (FTMS) ve "top-down" yaklaşımları sayesinde hücresel süreçlerin dinamik yapısını ve karmaşık canlı sistemlerin çevresel adaptasyon mekanizmalarını atomik düzeyde aydınlatmaktadır.
Dersin Tanımı	Proteomik, bir organizmanın, dokunun veya hücrenin belirli bir andaki tüm protein tamamlayıcısının (proteom) sistem çapında ve büyük ölçekte analiz edilmesini inceleyen bilim dalıdır. Bu disiplin, genlerin "statik" kodlarının (genom) ötesine geçerek, hücresel süreçlerin asıl yürütücüleri olan proteinlerin miktarlarını, yapılarını, işlevlerini, translasyon sonrası modifikasyonlarını (PTM) ve birbirleriyle olan etkileşimlerini dinamik bir şekilde inceler.

Dersin İçeriği

1	Proteomiğe Giriş ve Dersin Amacı: Genomdan proteoma geçiş, proteomun dinamik doğası ve sistem biyolojisindeki yeri.
2	Yüksek çözünürlüklü (FTMS, Orbitrap) teknolojiler ve protein tanımlamada kütle doğruluğunun önemi.
3	Kantitatif Proteomik Teknikleri
4	Post-Translasyonel Modifikasyonlar (PTM): O-GlcNAcylation, fosforilasyon ve hücresel sinyal iletimindeki çapraz etkileşimler
5	Post-Translasyonel Modifikasyonlar (PTM) II: çevresel strese yanıt olarak gelişen protein "S-tiyolasyon anahtarı" mekanizması.
6	Mikrobiyal Metabolizmanın Proteomik Analizi
7	Proteogenomik: Genomik verilerin proteomik verilerle harmanlanması
8	Ara Sınav
9	Metaproteomik ve Çevresel Ekoloji
10	Hücreye Özgü Proteomik
11	Patojen Proteomiği ve Antimikrobiyal Direnç (AMR)
12	Çevresel Adaptasyonların ProteomkTemeli
13	Proteomik Hücresel Yanıt Dinamikleri
14	Genomik Değişimlerin Proteomik Yansımaları
15	Genomik Değişimlerin Proteomik Yansımaları
16	Yarı Yıl Sonu Sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları

1	Genom ve Proteom Arasındaki Dinamik İlişkiyi Kavrama
2	Post-Translasyonel Modifikasyonların (PTM) İşlevini Analiz Etme
3	Metaproteomik ve Ekolojik Yaklaşımları Değerlendirebilme
4	Hücreye Özgü Proteomik Yöntemleri Tanımlama
5	Dokuya Özgü Proteomik Yöntemleri Tanımlama
6	Genomik Değişimlerin Proteom Üzerindeki Etkilerini Değerlendirme
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü

	Sayısı	Süresi (saat)	Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim	14	2	28
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)	2	2	4
Ödevler	1	5	5
Sunum / Seminer hazırlama	0	0	0
Kısa sınavlar	0	0	0
Ara sınavlara hazırlık	2	6	12
Ara sınavlar	1	3	3
Proje (Yarıyıl ödevi)	0	0	0
Laboratuvar	8	2	16
Arazi çalışması	0	0	0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık	1	8	8
Yarıyıl sonu sınavı	1	6	6
Araştırma	2	8	16
Toplam iş yükü			98
AKTS			4.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler

Yarıyıl içi değerlendirme	Sayısı	Katkı Yüzdesi
Ara sınav	1	40
Kısa sınav	0	0
Ödev	0	0
Yarıyıl içi toplam		40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı		40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı		60
Genel toplam		100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri

Ders kitabı	Rosenberg, E., DeLong, E. F., Lory, S., Stackebrandt, E., ve Thompson, F. (Ed.). (2014). The Prokaryotes—Other Major Lineages of Bacteria and the Archaea (4. baskı). Berlin: Springer
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar