Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
PROTEOMİK Üçüncü Düzey TBT410 8 4.00 4.00 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri Yok
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör PROF. DR. SEMİH YILMAZ
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı PROF. DR. SEMİH YILMAZ
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı Arş. Gör. AHMET ENES URAY
Dersin Veriliş Şekli Yüz yüze, interaktif
Dersin Amacı Proteomik dersinin temel amacı, bir organizmanın, dokunun veya hücrenin belirli bir andaki tüm protein tamamlayıcısını (proteom) sistem çapında ve büyük ölçekte analiz etmektir. Bu disiplin, genlerin "statik" kodlarının ötesine geçerek hücresel süreçlerin gerçek yürütücüleri olan proteinlerin miktarlarını, işlevlerini ve birbirleriyle olan etkileşimlerini incelemeyi hedefler. Proteomik ve genomik alanındaki güncel araştırmalar, yüksek çözünürlüklü kütle spektrometrisi (FTMS) ve "top-down" yaklaşımları sayesinde hücresel süreçlerin dinamik yapısını ve karmaşık canlı sistemlerin çevresel adaptasyon mekanizmalarını atomik düzeyde aydınlatmaktadır.
Dersin Tanımı Proteomik, bir organizmanın, dokunun veya hücrenin belirli bir andaki tüm protein tamamlayıcısının (proteom) sistem çapında ve büyük ölçekte analiz edilmesini inceleyen bilim dalıdır. Bu disiplin, genlerin "statik" kodlarının (genom) ötesine geçerek, hücresel süreçlerin asıl yürütücüleri olan proteinlerin miktarlarını, yapılarını, işlevlerini, translasyon sonrası modifikasyonlarını (PTM) ve birbirleriyle olan etkileşimlerini dinamik bir şekilde inceler.

Dersin İçeriği
1 Proteomiğe Giriş ve Dersin Amacı: Genomdan proteoma geçiş, proteomun dinamik doğası ve sistem biyolojisindeki yeri.
2 Yüksek çözünürlüklü (FTMS, Orbitrap) teknolojiler ve protein tanımlamada kütle doğruluğunun önemi.
3 Kantitatif Proteomik Teknikleri
4 Post-Translasyonel Modifikasyonlar (PTM): O-GlcNAcylation, fosforilasyon ve hücresel sinyal iletimindeki çapraz etkileşimler
5 Post-Translasyonel Modifikasyonlar (PTM) II: çevresel strese yanıt olarak gelişen protein "S-tiyolasyon anahtarı" mekanizması.
6 Mikrobiyal Metabolizmanın Proteomik Analizi
7 Proteogenomik: Genomik verilerin proteomik verilerle harmanlanması
8 Ara Sınav
9 Metaproteomik ve Çevresel Ekoloji
10 Hücreye Özgü Proteomik
11 Patojen Proteomiği ve Antimikrobiyal Direnç (AMR)
12 Çevresel Adaptasyonların ProteomkTemeli
13 Proteomik Hücresel Yanıt Dinamikleri
14 Genomik Değişimlerin Proteomik Yansımaları
15 Genomik Değişimlerin Proteomik Yansımaları
16 Yarı Yıl Sonu Sınavı
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Genom ve Proteom Arasındaki Dinamik İlişkiyi Kavrama
2 Post-Translasyonel Modifikasyonların (PTM) İşlevini Analiz Etme
3 Metaproteomik ve Ekolojik Yaklaşımları Değerlendirebilme
4 Hücreye Özgü Proteomik Yöntemleri Tanımlama
5 Dokuya Özgü Proteomik Yöntemleri Tanımlama
6 Genomik Değişimlerin Proteom Üzerindeki Etkilerini Değerlendirme
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 Lisans ve yüksek lisans düzeyinde edinilen yeterliliklere dayalı olarak bilgilerini geliştirebilme ve özgün çalışmalar yapabilecek seviyeye ulaşabilme
2 Edindikleri uzmanlık düzeyindeki teorik ve pratik bilgileri kullanabilme, elde ettiği sonuçları değerlendirme ve gerektiğinde uygulayabilme becerisine sahip olma
3 Matematik alanındaki bilgilerini farklı disiplinlerden edindiği bilgilerle bütünleştirerek yeni çalışmalar yapabilme
4 Uzmanlık gerektiren problemleri, bilimsel araştırma yöntemleri kullanarak analiz edebilme, yorumlayabilme ve çözüm üretebilme
5 Kendi alanında bağımsız olarak problemler kurgulama, bu problemlerin matematiksel modellerini oluşturarak çözümler üretebilme
6 Matematik alanında güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, kendi alanında ve alanı dışında çalışan araştırmacılara yazılı, sözlü ve görsel olarak aktarabilme
7 Yaptığı çalışmalarda, konusuyla ilgili verilerin derlenmesi,düzenlenmesi, yorumlanması ve kullanılması aşamalarında toplumsal ve bilimsel etik değerlere saygı göstermesi
8 Matematiksel bilgi birikimini teknolojide etkin ve verimli bir şekilde kullanabilme
9 Alanı ile ilgili ulusal ve uluslararası bilimsel toplantılara katılarak bilgi paylaşımında bulunabilme
10 Kendi alanında veya diğer disiplinlerde bilgiye ulaşma yöntemlerini etkin ve etik değerlere uygun olarak kullanabilme.
11 Yaptığı özgün çalışmaları ulusal ve uluslararası bilimsel dergilerde yayınlayabilme
12 Alanında karşılaştığı yeni bir bilgiyi eleştirel yaklaşımlarla değerlendirerek anlayabilme, yorumlayabilme ve kullanbilme
13 Lisans ve lisansüstü düzeyde edinilen bilgiler temelinde bilgilerini geliştirebilme ve özgün çalışmalar yapabilecek düzeye ulaşabilme.
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 14 2 28
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 2 2 4
Ödevler 1 5 5
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 2 6 12
Ara sınavlar 1 3 3
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 8 2 16
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 1 8 8
Yarıyıl sonu sınavı 1 6 6
Araştırma 2 8 16
Toplam iş yükü     98
AKTS     4.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 40
Kısa sınav 0 0
Ödev 0 0
Yarıyıl içi toplam   40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı Rosenberg, E., DeLong, E. F., Lory, S., Stackebrandt, E., ve Thompson, F. (Ed.). (2014). The Prokaryotes—Other Major Lineages of Bacteria and the Archaea (4. baskı). Berlin: Springer
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar