Dersin Adı Dersin Seviyesi Dersin Kodu Dersin Tipi Dersin Dönemi Yerel Kredi AKTS Kredisi Ders Bilgileri
YENİ NESİL DİZİLEME TEKNOLOJİLERİ Birinci Düzey MBG518 1 6.00 6.00 Yazdır
   
Dersin Tanımı
Ön Koşul Dersleri
Eğitimin Dili Türkçe
Koordinatör DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE GÜLCİHAN ÖNAL
Dersi Veren Öğretim Eleman(lar)ı DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE GÜLCİHAN ÖNAL
Yardımcı Öğretim Eleman(lar)ı
Dersin Veriliş Şekli Yüz yüze
Dersin Amacı Bu dersin amacı, yeni nesil dizileme teknolojilerinin temel prensipleri, çalışma süreçleri, veri analizi yaklaşımları ve moleküler biyoloji ile genetik alanındaki uygulamaları hakkında öğrencilere bilgi kazandırmaktır.
Dersin Tanımı Yeni nesil dizileme teknolojilerinin gelişimi, dizileme platformları, örnek hazırlama ve kütüphane oluşturma yöntemleri, hedefe yönelik dizileme, tüm ekzom ve tüm genom dizileme yaklaşımları, RNA dizileme uygulamaları, veri kalite kontrolü, temel biyoenformatik analizler, varyant değerlendirme ve yeni nesil dizilemenin araştırma ve klinik uygulamaları ele alınmaktadır.

Dersin İçeriği
1 Yeni nesil dizilemeye (NGS) giriş, tarihsel gelişim ve temel kavramlar
2 NGS platformlarının karşılaştırılması: Illumina, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore
3 NGS deney tasarımı ve çalışma akışı
4 Nükleik asit izolasyonu, kalite kontrol ve örnek hazırlama
5 Kütüphane hazırlama yöntemleri ve barkodlama stratejileri
6 Hedefe yönelik panel, ekzom ve tüm genom dizileme yaklaşımları
7 RNA-seq ve transkriptomik uygulamalar
8 Ödev / öğrenci sunumları
9 Ham veri formatları ve kalite değerlendirme (FASTQ, Phred skorları)
10 Temel biyoenformatik analizler: hizalama ve varyant çağırma
11 Varyant anotasyonu ve klinik veri tabanları
12 Tek hücre dizileme ve mekânsal transkriptomik
13 Metagenomik ve mikrobiyom uygulamaları
14 Etik, veri yönetimi, gelecekteki teknolojiler ve genel değerlendirme
15
16
17
18
19
20

Dersin Öğrenme Çıktıları
1 Yeni nesil dizileme teknolojilerinin temel prensiplerini ve tarihsel gelişimini açıklar.
2 Farklı dizileme platformlarının (Illumina, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore vb.) çalışma prensiplerini karşılaştırır.
3 Yeni nesil dizileme verilerinin analizinde kullanılan temel biyoenformatik yaklaşımları açıklar.
4 Yeni nesil dizileme çalışmalarına ait bilimsel literatürü yorumlayarak elde edilen bulguları tartışır.
5
6
7
8
9
10

*Dersin Program Yeterliliklerine Katkı Seviyesi
1 PÇ1 Matematik, fen bilimleri, temel mühendislik ve bilgisayarla hesaplama gibi konularda yeterli bilgi birikimi.
2 PÇ2 İnşaat Mühendisliği disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi.
3 PÇ3 Edinilen teorik, temel ve uzmanlık bilgilerini, modern mühendislik ve bilişim teknolojilerini kullanarak karmaşık bir mühendislik probleminin çözümünde etkin bir şekilde birleştirme ve uygulama becerisi.
4 PÇ4 Karmaşık mühendislik problemlerini tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi.
5 PÇ5 Karmaşık mühendislik problemlerinde uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi.
6 PÇ6 Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde yaratıcı çözümler tasarlama becerisi.
7 PÇ7 Modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi ve Gerçekçi inşaat ve işletme kısıtlarıyla uyumlu; ekonomik, çevresel ve sürdürülebilir çözümler üretme.
8 PÇ8 Mühendislik uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları seçme ve kullanma becerisi.
9 PÇ9 Bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi.
10 PÇ10 Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney düzeneklerini tasarlama becerisi.
11 PÇ11 Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney düzeneklerini uygulama becerisi.
12 PÇ12 Literatür taraması yaparak en güncel standartlar, yönetmelikler ve akademik makaleleri yorumlama becerisi.
13 PÇ13 Deneysel veya sayısal sonuçları istatistiksel yöntemlerle analiz ederek mühendislik yorumları geliştirme becerisi.
14 PÇ14 Sürdürülebilir kalkınma ilkeleri doğrultusunda karbon ayak izini minimize eden malzeme ve teknik çözümler geliştirme becerisi.
15 PÇ15 Altyapı projelerinin toplum sağlığı ve güvenliğine etkilerini risk analizleriyle değerlendirme becerisi.
16 PÇ16 Yasal ve etik sorumluluklar çerçevesinde inşaat atıkları yönetimi ve çevre koruma stratejileri tasarlama becerisi.
17 PÇ17 Mesleki Sorumluluk ve Yasalara tam Uyum göstermesi.
18 PÇ18 Kamu Güvenliği ve Çevre Koruma İlkelerine ilişkin stratejiler geliştirmesi.
19 PÇ19 Şeffaflık ve Çıkar Çatışmalarından Kaçınma.
20 PÇ20 Eşitlikçi ve Kapsayıcı Yaklaşım içeren çalışma ortamını oluşturması.
21 PÇ21 Akademik Dürüstlük ve Bilimsel Sorumluluk bilincini pekiştirmesi.
22 PÇ22 Şantiye yönetimi, mimarlık, elektrik ve makine disiplinleriyle koordineli çalışma.
23 PÇ23 Proje lideri veya ekip üyesi olarak görev dağılımı, zaman yönetimi ve çatışma çözme becerileri.
24 PÇ24 Yapısal analiz raporları, geoteknik etüt raporları ve teknik şartnameleri kapsamlı, anlaşılır biçimde yazma.
25 PÇ25 Yüklenici, müşteri ve kamuyla teknik sunumlar yaparak proje gereksinimlerini ve riskleri net ifade etme.
26 PÇ26 Zaman, maliyet ve iş gücü tahminleri yaparak kritik yol analizine dayalı proje programı oluşturma.
27 PÇ27 Kaynak planlaması, bütçe kontrolü ve tedarikçi yönetimi ile ekonomik uygulanabilirlik sağlama.
28 PÇ28 Risk yönetimi, kalite kontrol ve iş sağlığı – güvenliği prosedürlerini proje boyunca takip etme.
29 PÇ29 Yeni yapı malzemeleri, akıllı inşaat teknolojileri ve yönetmelik güncellemelerini öğrenme.
30 PÇ30 Mesleki seminer, sertifika programları ve lisans eğitimleriyle uzmanlık alanlarını derinleştirme.
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan Öğretim Faaliyetleri, Öğretme Metodları ve AKTS İş Yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 0 0 0
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 0 0 0
Ödevler 0 0 0
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 0 0 0
Ara sınavlar 0 0 0
Proje (Yarıyıl ödevi) 0 0 0
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavı 0 0 0
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     0
AKTS     0.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 0 0
Kısa sınav 0 0
Ödev 0 0
Yarıyıl içi toplam   0
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   0
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   0
Genel toplam   0

Önerilen Veya Zorunlu Okuma Materyalleri
Ders kitabı
Yardımcı Kaynaklar

Ders İle İlgili Dosyalar