Giriş | English

Yüksek Lisans > Sağlik Bilimleri Enstitüsü > Veter.parazitoloji (yüksek Lisans) > TEMEL BİYOİNFORMATİK
 
Dersin adı Dersin seviyesi Dersin kodu Dersin tipi Dersin dönemi Yerel kredi AKTS kredisi Ders bilgileri
TEMEL BİYOİNFORMATİK İkinci düzey VGB 525 1 8.00 8.00 Yazdır
   
Dersin tanımı
Ön koşul dersleri
Eğitimin dili
Koordinatör DR. ÖĞR. ÜYESİ ESMA GAMZE AKSEL
Dersi veren öğretim eleman(lar)ı
Yardımcı öğretim eleman(lar)ı
Dersin veriliş şekli Yüzyüze-online
Dersin amacı Biyoinformatik analizler hakkında bilgi verilmesi ve bu alanda kullanılan programlar ile ilgili bilgi ve becerilerin arttırılması.
Dersin tanımı

Dersin içeriği
1- Biyoinformatiğe giriş
2- Tanımlar ve genel kavramlar
3- Biyoinformatiğin tarihçesi, önemi ve amaçları
4- Biyoinformatiğin uygulama alanları
5- Veri tabanları (Nükleik asit, Protein Dizilimi, Üç boyutlu yapılar)
6- Veri tabanları (Literatür ve diğer veri tabanları)
7- Ara Sınav
8- İkili ve çoklu dizi alignment
9- BLAST
10- Protein yapı tahminlenmesi ve modelleme programları
11- RNA için biyoinformatik yöntemler
12- Mikroarray veri analizi ve düzenlenmesi
13- Genomik ve Proteomik
14- Biyoinformatik tabanlı ilaç dizaynı
15- Biyoinformatik tabanlı kanser araştırmaları
16-
17-
18-
19-
20-

Dersin öğrenme çıktıları
1- Biyoinformatiğin tanımını, tarihini ve biyolojik araştırmalardaki önemini açıklayabilme. Biyoinformatiğin farklı uygulama alanlarını (genomik, proteomik, ilaç dizaynı, kanser araştırmaları vb.) tanıyabilme. Biyoinformatiğin moleküler biyoloji ve genetik çalışmalarına nasıl katkı sağladığını değerlendirebilme
2- Nükleik asit, protein dizilimi, üç boyutlu yapı ve literatür veri tabanlarının kullanım amacını ve içeriklerini açıklayabilme. Bu veri tabanlarından nasıl yararlanılacağını ve biyolojik veri arama yöntemlerini öğrenebilme. Farklı biyoinformatik veri tabanları arasındaki ilişkileri ve veri tabanı seçiminin araştırmalardaki önemini kavrayabilme.
3- İkili ve çoklu dizi karşılaştırma (alignment) kavramlarını ve bu tekniklerin biyoinformatiğe katkısını anlayabilme. Alignment yöntemleriyle benzerlik ve farklılıkların belirlenmesi sürecini öğrenebilme. BLAST ve diğer karşılaştırma araçlarını kullanarak DNA ve protein dizilerini analiz edebilme.
4- Protein yapı tahmini ve modelleme yöntemlerini tanımlayabilme. Protein yapısı ile işlevi arasındaki ilişkiyi açıklayabilme. Proteinlerin üç boyutlu yapılarını analiz etmek ve modelleme programlarını kullanarak yapısal biyoloji araştırmalarını yürütebilme.
5- RNA yapı analizi, RNA dizilimlerinin değerlendirilmesi ve RNA biyoinformatiği yöntemlerini tanımlayabilme. RNA''nın yapısal ve fonksiyonel özelliklerini inceleme süreçlerini kavrayabilme.
6- Mikroarray veri analizi için kullanılan biyoinformatik yöntemleri açıklayabilme. Mikroarray verilerinin düzenlenmesi, analiz edilmesi ve yorumlanması sürecinde biyoinformatik araçlardan yararlanabilme. Gen ekspresyonu analizinde mikroarray verilerinin kullanımını kavrayabilme.
7- Genomik ve proteomik kavramlarını, biyoinformatikteki uygulama alanlarını ve bunların moleküler biyolojiye katkılarını açıklayabilme. Genomik ve proteomik veri analizi süreçlerini ve araçlarını tanıyabilme. Biyoinformatik yöntemlerle genom ve proteom analizlerini yapabilme.
8- Biyoinformatiğin ilaç geliştirme süreçlerindeki rolünü açıklayabilme. Moleküler modelleme, hedef keşfi ve ilaç tasarımında kullanılan biyoinformatik yöntemleri tanımlayabilme. İlaç adaylarının yapısal ve işlevsel analizini biyoinformatik araçlarla yapabilme.
9- Biyoinformatiğin kanser biyolojisi araştırmalarındaki rolünü ve katkılarını açıklayabilme. Kanser genomu analizinde biyoinformatik araçların kullanımını öğrenebilme. Kanser tedavisi ve teşhisinde biyoinformatik tabanlı yaklaşımları değerlendirebilme.
10-

*Dersin program yeterliliklerine katkı seviyesi
1- mesleki rol ve işlevlerini yerine getirmek için gerekli kuramsal ve uygulama bilgilerine sahiptir.
2- Mesleki etik ilke ve değerlere uygun davranır
3-
4-
5-
6-
7-
8-
9-
10-
11-
12-
13-
14-
15-
16-
17-
18-
19-
20-
21-
22-
23-
24-
25-
26-
27-
28-
29-
30-
31-
32-
33-
34-
35-
36-
37-
38-
39-
40-
41-
42-
43-
44-
45-
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder

Planlanan öğretim faaliyetleri, öğretme metodları ve AKTS iş yükü
  Sayısı Süresi (saat) Sayı*Süre (saat)
Yüz yüze eğitim 14 4 56
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme) 14 9 126
Ödevler 0 0 0
Sunum / Seminer hazırlama 0 0 0
Kısa sınavlar 0 0 0
Ara sınavlara hazırlık 0 0 0
Ara sınavlar 1 10 10
Proje (Yarıyıl ödevi) 1 1 1
Laboratuvar 0 0 0
Arazi çalışması 0 0 0
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık 1 10 10
Yarıyıl sonu sınavı 1 1 1
Araştırma 0 0 0
Toplam iş yükü     204
AKTS     8.00

Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
Yarıyıl içi değerlendirme Sayısı Katkı Yüzdesi
Ara sınav 1 20
Kısa sınav 0 0
Ödev 1 20
Yarıyıl içi toplam   40
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı   40
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı   60
Genel toplam   100

Önerilen veya zorunlu okuma materyalleri
Ders kitabı . Bioinformatics: A Practical Guide to Anlysis Genes and Proteins, 3rd Edition. Authors: Andreas D. Baxevanis, Francis Ouellette, Wiley 2004. 2. Introduction to Bioinformatics, Authors: Arthur M. Lesk, Oxford University Press, 2014.
Yardımcı Kaynaklar

Ders ile ilgili dosyalar