|
Ön koşul dersleri
|
Herhangi bir ön koşul bulunmamaktadır.
Bilgisayar programlama, algoritma ve R programlama dilinde kodlama bilgisine sahip olmak bir avantajdır. Öğrenciler, R dilinde kod yazmayı ve analiz yapmayı öğrenmeye teşvik edilmektedir.
|
|
Eğitimin dili
|
Türkçe
|
|
Koordinatör
|
PROF. DR. GÖKMEN ZARARSIZ
|
|
Dersi veren öğretim eleman(lar)ı
|
|
|
Yardımcı öğretim eleman(lar)ı
|
|
|
Dersin veriliş şekli
|
Anlatım ve Tartışma
|
|
Dersin amacı
|
Bu ders genomik alanında çeşitli amaçlarla (sınıflama, kümeleme, gen ontolojisi, vb.) yürütülen çalışmalarda kullanılan istatistiksel yöntemlerin öğretilmesini amaçlar.
|
|
Dersin tanımı
|
|
|
1- |
Genomik veriye giriş, temel kavramlar, R/Bioconductor ağı
|
|
2- |
Genomik veri teknolojileri, Mikro-dizilim, RNA-dizileme, SNPs, ChIP
|
|
3- |
Açıklayıcı veri analizi, veri önişleme (normalizasyon, transformasyon, kalite kontrol vb.), grafiksel değerlendirmeler
|
|
4- |
Gen ekspresyonu ve anlamlı genlerin tespit edilmesi, anlamlılık testleri, çoklu karşılaştırmalar
|
|
5- |
Deney düzenleri, randomizasyon ve bloklama
|
|
6- |
Genomik veriler için doğrusal modeller
|
|
7- |
Ara Sınav
|
|
8- |
Genomik verilerde makine öğrenme algoritmaları – Sınıflama analizleri I
|
|
9- |
Genomik verilerde makine öğrenme algoritmaları – Sınıflama analizleri II
|
|
10- |
Genomik verilerde makine öğrenme algoritmaları – Kümeleme analizleri I
|
|
11- |
Genomik verilerde makine öğrenme algoritmaları – Kümeleme analizleri II
|
|
12- |
Uygulama
|
|
13- |
Genomik verilerde boyut indirgeme, PCA ve MDS grafikleri, ısı haritaları
|
|
14- |
Diğer konular (Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS), gen ontolojisi, tek nükleotid polimorfizmi (SNPs) vb.)
|
|
15- |
FİNAL SINAVI
|
|
16- |
|
|
17- |
|
|
18- |
|
|
19- |
|
|
20- |
|
|
1- |
Açıklayıcı veri analizleri, veri önişleme (Normalizasyon, transformasyon, vb.)
|
|
2- |
Gen ekspresyon analizi
|
|
3- |
Mikrodizilim, RNA-dizileme teknikleri
|
|
4- |
Deney düzenleri (randomizasyon, bloklama), doğrusal modeller
|
|
5- |
Anlamlılık testleri, çoklu karşılaştırmalar
|
|
6- |
Sınıflama / Kümeleme analizleri
|
|
7- |
|
|
8- |
|
|
9- |
|
|
10- |
|
|
*Dersin program yeterliliklerine katkı seviyesi
|
|
1- |
Matematik, fen ve Mühendislik bilgilerini uygulama becerisi
|
|
|
2- |
Deney tasarlama ve yapma ile deney sonuçlarını yorumlama becerisi
|
|
|
3- |
istenen gereksinimleri karşılayacak biçimde bir sistemi, parçayı veya süreci tasarımlama
|
|
|
4- |
Disiplinler arası takımlarda çalışabilme becerisi
|
|
|
5- |
Mühendislik problemleri tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi
|
|
|
6- |
Mesleki ve etik sorumluluk bilinci
|
|
|
7- |
İngilizce ve Türkçe etkin iletişim kurma becerisi
|
|
|
8- |
Mühendislik çözümlerinin evrensel ve toplumsal boyutlarda etkinliklerini anlamak için gerekli genişlikte eğitim
|
|
|
9- |
Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci
|
|
|
10- |
Çağın sorunları hakkında bilgi
|
|
|
11- |
Mühendislik uygulamaları için gerekli teknikleri, yetenekleri ve modern araçları kullanma becerisi
|
|
|
12- |
|
|
|
13- |
|
|
|
14- |
|
|
|
15- |
|
|
|
16- |
|
|
|
17- |
|
|
|
18- |
|
|
|
19- |
|
|
|
20- |
|
|
|
21- |
|
|
|
22- |
|
|
|
23- |
|
|
|
24- |
|
|
|
25- |
|
|
|
26- |
|
|
|
27- |
|
|
|
28- |
|
|
|
29- |
|
|
|
30- |
|
|
|
31- |
|
|
|
32- |
|
|
|
33- |
|
|
|
34- |
|
|
|
35- |
|
|
|
36- |
|
|
|
37- |
|
|
|
38- |
|
|
|
39- |
|
|
|
40- |
|
|
|
41- |
|
|
|
42- |
|
|
|
43- |
|
|
|
44- |
|
|
|
45- |
|
|
|
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder |
|
Planlanan öğretim faaliyetleri, öğretme metodları ve AKTS iş yükü
|
|
|
Sayısı
|
Süresi (saat)
|
Sayı*Süre (saat)
|
|
Yüz yüze eğitim
|
14
|
3
|
42
|
|
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)
|
14
|
4
|
56
|
|
Ödevler
|
2
|
10
|
20
|
|
Sunum / Seminer hazırlama
|
0
|
0
|
0
|
|
Kısa sınavlar
|
0
|
0
|
0
|
|
Ara sınavlara hazırlık
|
1
|
20
|
20
|
|
Ara sınavlar
|
0
|
0
|
0
|
|
Proje (Yarıyıl ödevi)
|
1
|
36
|
36
|
|
Laboratuvar
|
0
|
0
|
0
|
|
Arazi çalışması
|
0
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık
|
1
|
36
|
36
|
|
Yarıyıl sonu sınavı
|
0
|
0
|
0
|
|
Araştırma
|
0
|
0
|
0
|
|
Toplam iş yükü
|
|
|
210
|
|
AKTS
|
|
|
8.50
|
|
Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
|
|
Yarıyıl içi değerlendirme
|
Sayısı
|
Katkı Yüzdesi
|
|
Ara sınav
|
1
|
30
|
|
Kısa sınav
|
0
|
0
|
|
Ödev
|
2
|
15
|
|
Yarıyıl içi toplam
|
|
45
|
|
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı
|
|
60
|
|
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı
|
|
40
|
|
Genel toplam
|
|
100
|
|
Önerilen veya zorunlu okuma materyalleri
|
|
Ders kitabı
|
Bu ders için zorunlu olarak belirlenmiş bir kaynak bulunmamaktadır. Ders materyalleri güncel makaleler, internet ortamından edinilen kaynaklar ve çeşitli ders notlarından oluşmaktadır. Materyaller dersi alan öğrencilere ayrıca verilecektir.
|
|
Yardımcı Kaynaklar
|
|
|