| Dersin adı |
Dersin seviyesi |
Dersin kodu |
Dersin tipi |
Dersin dönemi |
Yerel kredi |
AKTS kredisi |
Ders bilgileri |
| BİYOİNFORMATİK |
Birinci düzey |
BİY404 |
Zorunlu |
8 |
4.00 |
4.00 |
Yazdır |
|
Ön koşul dersleri
|
Yok
|
|
Eğitimin dili
|
Türkçe
|
|
Koordinatör
|
PROF. DR. SERVET ÖZCAN
|
|
Dersi veren öğretim eleman(lar)ı
|
Prof. Dr. Servet ÖZCAN
|
|
Yardımcı öğretim eleman(lar)ı
|
-
|
|
Dersin veriliş şekli
|
Yüz yüze
|
|
Dersin amacı
|
Dersi yeni alan öğrencilere kapsamlı temel yöntem ve teknikleri tanıtmak, öğrencilere bu alanla ilgili bilgi sunmak ve biyoinformatik alanı içerisinde en güncel konuları tartışmaktır.
|
|
Dersin tanımı
|
Biyoinformatik disiplinlerarası bir alan olup biyolojik sistemlerle ve biyolojik verilerin (örneğin DNA, protein dizilimi, makromoleküler yapılar ve fonksiyonel genomik dataları vb) matematik, istatistik ve bilgisayar bilimlerini kullanarak teorik ve pratik analizi temeline dayanmaktadır. Dersin ana başlıkları içerisinde; moleküler genetik, biyolojik veri bankaları, veri bankalarının taranması, DNA ve protein dizilim eşleştirilmesi, filogenetik ağaçlandırma, moleküler yapısal öngörüm, mikroerrey ve proteomik analizleri içermektedir.
|
|
1- |
Genom projelerine genel bakış
|
|
2- |
Bilgisayar ortamı ve temel data yapısına giriş
|
|
3- |
DNA izolasyonu, PCR çoğaltması, gel elektroforezi ve bilgisayar işlemleri
|
|
4- |
Dizilim eşleştirilmesi ve araştırılması
|
|
5- |
DNA dizilerinin databankası araştırılması, programlar (BLAST, PAUP, BioEdit)
|
|
6- |
Filogenetik ağaç oluşturulması
|
|
7- |
Projelerin sınıf ortamında sunulması
|
|
8- |
ARA SINAV
|
|
9- |
Protein yapılarına genel bakış ve terminolojisi
|
|
10- |
Protein motif analizleri, ortolog gruplar, protein sınıflandırılması, yapısal tahmin, distans matriks analizi, dinamik programlama.
|
|
11- |
Grup çalışması; proteinlerin ikincil yapılarının tahmini ve raporların sunulması
|
|
12- |
Mikroarray teknolojisine genel bakış, gen ontolojisi, gruplama metotları, data analizi
|
|
13- |
Gen ontolojisini kullanarak mikroarray data bankalarının araştırılması
|
|
14- |
Grup çalışması; mikroarray verilerinin indirilmesi ve analizi
|
|
15- |
Dönem ödevinin seminer şeklinde sunulması
|
|
16- |
|
|
17- |
|
|
18- |
|
|
19- |
|
|
20- |
|
|
1- |
Biyoinformatigin tanımlanması; komputasyonal kullanıma olan ihtiyacın nedenlerini yorumlayabilir.
|
|
2- |
www tabanlı veri bankaları kullanarak biyolojik konuda bilgi sahibi olur.
|
|
3- |
BLAST programını kullanarak bir dizinin veritabanında benzerlerini bularak arama sonuçları değerlendirebilir.
|
|
4- |
ClustalW programı ile çoklu dizi hizalaması yapabilir, dizilerdeki benzer alanları yorumlayabilirler.
|
|
5- |
UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak herhangi bir canlıdaki ismi bilinen bir proteinin dizisini elde edebilirler.
|
|
6- |
UniProtKB/SwissProt arayüzü kullanarak bir protein ile ilgili detaylı biyokimyasal bilgiye ulaşabilirler.
|
|
7- |
GenBank servislerini kullanarak, bir gen hakkında fonksiyonu da dahil olmak üzere detaylı bilgiye ulaşabilirler.
|
|
8- |
|
|
9- |
|
|
10- |
|
|
*Dersin program yeterliliklerine katkı seviyesi
|
|
1- |
Biyoloji alanındaki en güncel uygulama, araç-gereç ve diğer bilimsel kaynaklarla desteklenen ileri düzeyde bilgi ve kavrayışa sahip olur, bunları kullanabilir.
|
|
|
2- |
Biyoloji alanındaki kavramları, fikirleri ve verileri bilimsel yöntemlerle değerlendirebilme, karmaşık problem ve konuları analiz edebilme, tartışmalar yapabilme, kanıta ve araştırmalara dayalı öneriler geliştirebilme gibi yetkinlikler kazanır.
|
|
|
3- |
Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir.
|
|
|
4- |
Biyoloji alanındaki uygulamalarda karşılaşabileceği öngörülemeyen karmaşık durumlarda çözüm üretebilir.
|
|
|
5- |
Deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi kazanır.
|
|
|
6- |
Biyoloji ile ilgili sektörlerde sorumluluğu altında çalışanların mesleki gelişimine yönelik etkinlikleri planlayabilir.
|
|
|
7- |
Bilgiye erişebilme ve bu amaçla kaynak ve veri tabanları gibi bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanmayı öğrenir.
|
|
|
8- |
Bireysel olarak ve çok disiplinli takımlarda etkin çalışma ve sorumluluk alma özgüvenini kazanır.
|
|
|
9- |
Biyoloji alanındaki bilgi ve uygulamaları takip edebilecek ve meslektaşları ile iletişim kurabilecek düzeyde yabancı dil bilgisine sahip olur.
|
|
|
10- |
Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincini; bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisini kazanır.
|
|
|
11- |
Sürdürülebilir kalkınma ve çevre koruma konularında yeterli bilgi ve bilince sahip olur.
|
|
|
12- |
Proje yönetimi, iş güvenliği, işçi sağlığı, sosyal güvenlik hakları, kalite kontrol ve yönetimi konularında yeterli bilgi ve bilinci kazanır.
|
|
|
13- |
Biyoloji alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetme yeterliliğine sahip olur.
|
|
|
14- |
Biyolojik teknolojileri eğitime, endüstriye, tarıma, sağlık ve çevre problemlerine uygulayabilme konularında yeterli bilince sahip olur.
|
|
|
15- |
|
|
|
16- |
|
|
|
17- |
|
|
|
18- |
|
|
|
19- |
|
|
|
20- |
|
|
|
21- |
|
|
|
22- |
|
|
|
23- |
|
|
|
24- |
|
|
|
25- |
|
|
|
26- |
|
|
|
27- |
|
|
|
28- |
|
|
|
29- |
|
|
|
30- |
|
|
|
31- |
|
|
|
32- |
|
|
|
33- |
|
|
|
34- |
|
|
|
35- |
|
|
|
36- |
|
|
|
37- |
|
|
|
38- |
|
|
|
39- |
|
|
|
40- |
|
|
|
41- |
|
|
|
42- |
|
|
|
43- |
|
|
|
44- |
|
|
|
45- |
|
|
|
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder |
|
Planlanan öğretim faaliyetleri, öğretme metodları ve AKTS iş yükü
|
|
|
Sayısı
|
Süresi (saat)
|
Sayı*Süre (saat)
|
|
Yüz yüze eğitim
|
14
|
3
|
42
|
|
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)
|
14
|
1
|
14
|
|
Ödevler
|
2
|
4
|
8
|
|
Sunum / Seminer hazırlama
|
1
|
4
|
4
|
|
Kısa sınavlar
|
0
|
0
|
0
|
|
Ara sınavlara hazırlık
|
1
|
8
|
8
|
|
Ara sınavlar
|
1
|
2
|
2
|
|
Proje (Yarıyıl ödevi)
|
3
|
2
|
6
|
|
Laboratuvar
|
0
|
0
|
0
|
|
Arazi çalışması
|
0
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık
|
1
|
12
|
12
|
|
Yarıyıl sonu sınavı
|
1
|
2
|
2
|
|
Araştırma
|
1
|
5
|
5
|
|
Toplam iş yükü
|
|
|
103
|
|
AKTS
|
|
|
4.00
|
|
Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
|
|
Yarıyıl içi değerlendirme
|
Sayısı
|
Katkı Yüzdesi
|
|
Ara sınav
|
1
|
100
|
|
Kısa sınav
|
0
|
0
|
|
Ödev
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl içi toplam
|
|
100
|
|
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı
|
|
40
|
|
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı
|
|
60
|
|
Genel toplam
|
|
100
|
|
Önerilen veya zorunlu okuma materyalleri
|
|
Ders kitabı
|
www resources at the NCBI; EMBL, EGGE, ExPASY, BLAST, PAUP, BioEdit etc.
Leving, B. Genes IX, 9th ad., Oxford University Press, Oxford, UK, 2008.
Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., and Peter Walter, P. Molecular Biology of the Cell, 4th ed. 2002. Garland Science, New York, USA, 2002.
|
|
Yardımcı Kaynaklar
|
Paul M. Selzer , Richard J. Marhofer , Oliver Koch. Uygulamalı Biyoinformatik Giriş. 2019.
|
|