|
Ön koşul dersleri
|
Temel moleküler biyoloji ve biyokimya bilgisi
|
|
Eğitimin dili
|
İngilizce
|
|
Koordinatör
|
PROF. DR. SEMİH YILMAZ
|
|
Dersi veren öğretim eleman(lar)ı
|
Prof. Dr. Semih YILMAZ
|
|
Yardımcı öğretim eleman(lar)ı
|
Research assistant Ahmet Enes URAY
|
|
Dersin veriliş şekli
|
Yüz yüze, interaktif eğitim
|
|
Dersin amacı
|
Kursun genel amacı genomics ve protemics alanlarındaki temel uygulama alanları ve metotların açıklanmasıdır. Özelde ise genomiğin tarihsel ve gelişimsel perspektifini, proteomik ve proteogenomik yöntemleri, prokaryot genomların yapısal organizasyonunu içerir.
|
|
Dersin tanımı
|
Bu ders fonksiyonel genomik ve proteomik ile ilgili bilgi ve becerileri kazandırmayı amaçlar. Özellikle prokaryotlarda (bakteri) kullanılan teknikler üzerinde durulmuştur. Organizmaların tüm genom düzeyinde değişen çevre koşullarına verdiği tepki açıklanacaktır.
|
|
1- |
Genom boyutu
|
|
2- |
Nükleotit ve yapısal değişkenlik
|
|
3- |
Genomik ve çeşitlilik
|
|
4- |
Prokaryotik genomların yapısı, organizasyonu ve içeriği
|
|
5- |
Mikrobiyal genomik ve genom epidemiyolojisi
|
|
6- |
Proteomiğin Biyoteknolojik Uygulamaları
|
|
7- |
Proteomiğin Biyoteknolojik Uygulamaları
|
|
8- |
Ara sınav
|
|
9- |
Fonksiyonel genomiğin temel yaklaşımları, reverse ve forward genetik
|
|
10- |
Çeşitli örnek türlerinden temel protein izolasyon yöntemleri; elektroforetik ayırma teknikleri
|
|
11- |
Protein biyolojik fonksiyonunu anlama
|
|
12- |
Protein biyolojik fonksiyonunu anlama
|
|
13- |
Post translasyonel modifikasyonlar
|
|
14- |
Patojen tanımlama (“BioTyper”)
|
|
15- |
Protein miktar tayini
|
|
16- |
Protein izolatlarının hazırlanması ve proteinlerin ve peptidlerin fraksiyonlanması/ayrılması
|
|
17- |
Final sınavı
|
|
18- |
|
|
19- |
|
|
20- |
|
|
1- |
Fonksiyonel genomik ve proteomiğin tarım, ekotoksikoloji ve insan sağlığı alanındaki kullanımlarını tartışmak
|
|
2- |
Genom ve proteomik alanında kullanılan teknolojilerin seçiminde kullanılan yöntem ve uygulamaları anlamak
|
|
3- |
Çeşitli kaynaklardan gelen bilgileri değerlendirerek biyoteknolojideki problemleri kritik analiz edebilme ve çözebilme
|
|
4- |
İfade çalışmaları ile elde edilen verileri yorumlayabilme
|
|
5- |
Kendi kendine öğrenme sürecini gerçekleştirebilme
|
|
6- |
Prokaryotik genom ve proteomlardaki farklı bileşenleri tanımlamak ve açıklayabilme
|
|
7- |
|
|
8- |
|
|
9- |
|
|
10- |
|
|
*Dersin program yeterliliklerine katkı seviyesi
|
|
1- |
|
|
|
2- |
|
|
|
3- |
|
|
|
4- |
|
|
|
5- |
|
|
|
6- |
|
|
|
7- |
|
|
|
8- |
|
|
|
9- |
|
|
|
10- |
|
|
|
11- |
|
|
|
12- |
|
|
|
13- |
|
|
|
14- |
|
|
|
15- |
|
|
|
16- |
|
|
|
17- |
|
|
|
18- |
|
|
|
19- |
|
|
|
20- |
|
|
|
21- |
|
|
|
22- |
|
|
|
23- |
|
|
|
24- |
|
|
|
25- |
|
|
|
26- |
|
|
|
27- |
|
|
|
28- |
|
|
|
29- |
|
|
|
30- |
|
|
|
31- |
|
|
|
32- |
|
|
|
33- |
|
|
|
34- |
|
|
|
35- |
|
|
|
36- |
|
|
|
37- |
|
|
|
38- |
|
|
|
39- |
|
|
|
40- |
|
|
|
41- |
|
|
|
42- |
|
|
|
43- |
|
|
|
44- |
|
|
|
45- |
|
|
|
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder |
|
Planlanan öğretim faaliyetleri, öğretme metodları ve AKTS iş yükü
|
|
|
Sayısı
|
Süresi (saat)
|
Sayı*Süre (saat)
|
|
Yüz yüze eğitim
|
13
|
3
|
39
|
|
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)
|
13
|
5
|
65
|
|
Ödevler
|
3
|
15
|
45
|
|
Sunum / Seminer hazırlama
|
4
|
4
|
16
|
|
Kısa sınavlar
|
0
|
0
|
0
|
|
Ara sınavlara hazırlık
|
1
|
10
|
10
|
|
Ara sınavlar
|
1
|
2
|
2
|
|
Proje (Yarıyıl ödevi)
|
0
|
0
|
0
|
|
Laboratuvar
|
0
|
0
|
0
|
|
Arazi çalışması
|
0
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık
|
1
|
10
|
10
|
|
Yarıyıl sonu sınavı
|
1
|
5
|
5
|
|
Araştırma
|
0
|
0
|
0
|
|
Toplam iş yükü
|
|
|
192
|
|
AKTS
|
|
|
7.50
|
|
Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
|
|
Yarıyıl içi değerlendirme
|
Sayısı
|
Katkı Yüzdesi
|
|
Ara sınav
|
1
|
40
|
|
Kısa sınav
|
0
|
0
|
|
Ödev
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl içi toplam
|
|
40
|
|
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı
|
|
40
|
|
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı
|
|
60
|
|
Genel toplam
|
|
100
|
|
Önerilen veya zorunlu okuma materyalleri
|
|
Ders kitabı
|
ProteomicsDB: : http://www.proteomicsdb.org/ Kraj, A. & Silberring J. Introduction to Proteomics. Ed. Wiley, UK 2008.
|
|
Yardımcı Kaynaklar
|
Brown, T. A. Genomes. Garland Science, UK. 2009, 3rd edition. Lovrik, J. Introducting Proteomics: From concepts to sample separation, mass spectroetry and data analysis. Ed. Wiley-Blackwell, UK, 2011.
|
|