| Dersin adı |
Dersin seviyesi |
Dersin kodu |
Dersin tipi |
Dersin dönemi |
Yerel kredi |
AKTS kredisi |
Ders bilgileri |
| BİYOİNFORMATİK |
İkinci düzey |
TBT 511 |
Seçmeli |
1 |
7.50 |
7.50 |
Yazdır |
|
Ön koşul dersleri
|
Yok
|
|
Eğitimin dili
|
Türkçe
|
|
Koordinatör
|
DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
|
|
Dersi veren öğretim eleman(lar)ı
|
DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
|
|
Yardımcı öğretim eleman(lar)ı
|
Yok
|
|
Dersin veriliş şekli
|
Yüz yüze
|
|
Dersin amacı
|
Bu dersin amacı, öğrencilerin biyoenformatik alanına hızla ulaşmalarına yardımcı olmak ve kendi araştırma alanlarındaki problemleri çözmek için biyoenformatik araçları kullanabilmelerini sağlamaktır.
|
|
Dersin tanımı
|
Biyoinformatik dersi biyoinformatikte kullanılan en önemli ve temel kavramları, yöntemleri ve araçları tanıtmak üzere tasarlanmıştır. Bu ders biyolojik bilimlerde yeni ve hızla gelişen biyoinformatik alanına titiz, disiplinler arası bir yaklaşım sağlamaktadır. Ayrıca biyolojik veriler, genom evrimi ve varyasyonları ve biyolojik veri tabanlarının düzenlenmesi, analizi, karşılaştırılması ve anatasyonunda faydalı bilgiler sunacaktır.
|
|
1- |
Biyoinformatikte kullanılan en önemli ve temel kavramlar, yöntemler ve araçlara giiriş
|
|
2- |
Nükleotid dizi veritabanlarına giriş
|
|
3- |
Protein dizi veritabanları
|
|
4- |
Sanger ve yeni nesil sekanslama teknolojileri
|
|
5- |
Pairwise sekans alignment ve veritabanı araması
|
|
6- |
Patern, Profil ve Multiple sekans alignment ve algoritmalar
|
|
7- |
Örnek çalışma
|
|
8- |
Ara Sınav
|
|
9- |
Veri tabanına sekans veri girişi
|
|
10- |
Genom varyasyon ve evrim araştırmaları
|
|
11- |
Biyolojik dizilerin anatasyonu
|
|
12- |
Filogenetik ve filogenomik analizler
|
|
13- |
Gen ifadesi ve DNA mikroarrayler
|
|
14- |
Örnek çalışma
|
|
15- |
Final Sınavı
|
|
16- |
|
|
17- |
|
|
18- |
|
|
19- |
|
|
20- |
|
|
1- |
Öğrenciler genom biyoinformatik araçlarını kullanabilecektir.
|
|
2- |
Öğrenciler genom biyoinformatikde kullanılan en önemli ve temel kavram, yöntem ve araçları anlayacaklardır.
|
|
3- |
Bu ders biyolojik bilimlerde yeni ve hızla gelişen genom biyoinformatik alanında titiz, disiplinler arası bir bilgi sunmaktadır.
|
|
4- |
|
|
5- |
|
|
6- |
|
|
7- |
|
|
8- |
|
|
9- |
|
|
10- |
|
|
*Dersin program yeterliliklerine katkı seviyesi
|
|
1- |
Tarımsal Biyoteknolojinin yüksek lisansını yaptığı alanında temel yöntem ve tekniklere yönelik yeterli uzmanlığa sahip olur
|
|
|
2- |
Biyoteknolojinin; Bitki Biyoteknolojisi, Hayvan Biyoteknolojisi, Mikrobiyal Biyoteknoloji, alanlarında akademik ve endüstriyel boyutta, uluslar arası düzeyde yeterliliğe sahiptir
|
|
|
3- |
Tarımsal Biyoteknoloji alanındaki yeni konulara açıktır, tarımda faliyetlerin yürütülmesi ve verimliliğin arttırılmasında stratejik çözümler üretebilir, girişimci ve geliştirici niteliklere sahiptir,
|
|
|
4- |
Kamu ve özel sektörde, Biyoteknoloji ile ilişkili tarımsal alanlarda üretim, araştırma ve geliştirme; ulusal-uluslar arası düzeyde proje oluşturma, yönetme yeterliliğine sahiptir,
|
|
|
5- |
Biyoteknoloji alanındaki çalışmaların gerektirdiği düzeyde bilişim ve iletişim teknolojilerine yönelik yeterliliğe sahiptir
|
|
|
6- |
Biyoteknoloji alanındaki çalışmalarda etik kuralların bilincinde, çevre ve canlı yaşam dengelerinin korunmasında dikkatlidir
|
|
|
7- |
|
|
|
8- |
|
|
|
9- |
|
|
|
10- |
|
|
|
11- |
|
|
|
12- |
|
|
|
13- |
|
|
|
14- |
|
|
|
15- |
|
|
|
16- |
|
|
|
17- |
|
|
|
18- |
|
|
|
19- |
|
|
|
20- |
|
|
|
21- |
|
|
|
22- |
|
|
|
23- |
|
|
|
24- |
|
|
|
25- |
|
|
|
26- |
|
|
|
27- |
|
|
|
28- |
|
|
|
29- |
|
|
|
30- |
|
|
|
31- |
|
|
|
32- |
|
|
|
33- |
|
|
|
34- |
|
|
|
35- |
|
|
|
36- |
|
|
|
37- |
|
|
|
38- |
|
|
|
39- |
|
|
|
40- |
|
|
|
41- |
|
|
|
42- |
|
|
|
43- |
|
|
|
44- |
|
|
|
45- |
|
|
|
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder |
|
Planlanan öğretim faaliyetleri, öğretme metodları ve AKTS iş yükü
|
|
|
Sayısı
|
Süresi (saat)
|
Sayı*Süre (saat)
|
|
Yüz yüze eğitim
|
3
|
14
|
42
|
|
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)
|
3
|
14
|
42
|
|
Ödevler
|
2
|
14
|
28
|
|
Sunum / Seminer hazırlama
|
2
|
14
|
28
|
|
Kısa sınavlar
|
0
|
0
|
0
|
|
Ara sınavlara hazırlık
|
1
|
14
|
14
|
|
Ara sınavlar
|
1
|
1
|
1
|
|
Proje (Yarıyıl ödevi)
|
0
|
0
|
0
|
|
Laboratuvar
|
0
|
0
|
0
|
|
Arazi çalışması
|
0
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık
|
2
|
14
|
28
|
|
Yarıyıl sonu sınavı
|
1
|
1
|
1
|
|
Araştırma
|
0
|
0
|
0
|
|
Toplam iş yükü
|
|
|
184
|
|
AKTS
|
|
|
7.50
|
|
Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
|
|
Yarıyıl içi değerlendirme
|
Sayısı
|
Katkı Yüzdesi
|
|
Ara sınav
|
1
|
40
|
|
Kısa sınav
|
0
|
0
|
|
Ödev
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl içi toplam
|
|
40
|
|
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı
|
|
40
|
|
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı
|
|
60
|
|
Genel toplam
|
|
100
|
|
Önerilen veya zorunlu okuma materyalleri
|
|
Ders kitabı
|
Allmer, J., 2012. Biyoinformatik I: Dizi Kıyaslamaları. Nobel Yayın Evi, Ankara, 318s.
|
|
Yardımcı Kaynaklar
|
|
|