| Dersin adı |
Dersin seviyesi |
Dersin kodu |
Dersin tipi |
Dersin dönemi |
Yerel kredi |
AKTS kredisi |
Ders bilgileri |
| PROTEOM ARAŞTIRMASI |
Üçüncü düzey |
BİY 613 |
Seçmeli |
1 |
7.50 |
7.50 |
Yazdır |
|
Ön koşul dersleri
|
Yok
|
|
Eğitimin dili
|
Türkçe
|
|
Koordinatör
|
PROF. DR. SERVET ÖZCAN
|
|
Dersi veren öğretim eleman(lar)ı
|
DOÇ. DR. SERVET ÖZCAN
|
|
Yardımcı öğretim eleman(lar)ı
|
Yok
|
|
Dersin veriliş şekli
|
Yüz Yüze; Dersi alan öğrencilere ilerleyen haftalık konuların ppt sunumları dersten bir hafta önce dağıtılmakta ve internet ortamından yararlanabilecekleri kaynaklar da temin edilmektedir. Ayrıca, konu kapsamında sağlanan dokümantasyonların konular dahilinde sınıf içerisinde tartışılması sağlanmaktadır. Konunun tamamlanması sonrasında, her öğrenciye bireysel ödev konusu verilmektedir. Dersi takip eden haftada, öğrencilerin ödevlerini tartışmasına izin verilmekte ve benzer problemleri çözmeleri konusunda öneriler üretmeleri beklenmektedir.
|
|
Dersin amacı
|
Bu dersin amacı protein konusunda özelleşmek isteyen öğrencilerin proteome hakkında bilgi ve beceri kazandırmak ve çalışmalarına derinlik katmaktır. Katılımcıların hücredeki protein yapılarının kimyasal, fiziksel ve doğal ortamlarında nasıl davrandıkları konusunda ileri düzeyde bilgi kazanmaları beklenir.
|
|
Dersin tanımı
|
Ders içeriği iki-boyutlu jel elektroforezi ve protein tanımlanması yöntemlerini kapsamaktadır. Proteom’un anlamı. 2-boyutlu elektroforezde proteinlerin çözünmesi. İki-boyotlu jel elektroforezinin taşıyıcı anfolin ve kurulmuş pH gradiyenti ile yapımı. 2D ile ayrılan proteinlerin yakalanması. İki-boyutlu jel elektroforezi ile ayrılan proteinlerin blotlama ve imminoafinite yöntemleri ile tanımlanması. Asit hidrolize edilmiş proteinlerin amino asit kompozisyonlarının tanımlanması. Amino asit dizilerinin Edman yöntemi ile belirlenmesi. Kütle spektroskopisi ile proteinlerin tanımlanması.
|
|
1- |
Proteom’un tanımı ve önemi
|
|
2- |
2D elektroforezde proteinlerin çözünmasi
|
|
3- |
Taşıyıcı anfolinlerle iki-boyutlu elktroforez
|
|
4- |
İmmobilize pH gradiyenti ile iki-boyutlu elktroforez
|
|
5- |
2D gellerde proteinlerin görüntülenmesi
|
|
6- |
2D ayrılmış proteinlerin bloting ve immunoafinite teşhisi
|
|
7- |
Asit hidrolizi sonrası proteinlerin amino asit kompozisyonlarının tanımlanması
|
|
8- |
Aminoasit kompozisyonunun etiketleme sonrası tanımlanması
|
|
9- |
Proteinlerin amino asit sekansı ile tanımlanması
|
|
10- |
Proteinlerin kütle spetrofotometresi ile analizi
|
|
11- |
Kütle parmakizi yöntemiyle proteinlerin tanımlanması
|
|
12- |
Ardışık kütle spectroskopisiyle peptid sekans analizleri
|
|
13- |
Databankası araştırmaları ve değerlendirilmeleri
|
|
14- |
Databankası araştırmaları ve değerlendirilmeleri
|
|
15- |
|
|
16- |
|
|
17- |
|
|
18- |
|
|
19- |
|
|
20- |
|
|
1- |
Proteomiksi anlamak ve post genom sonrası fonksiyonel proteomiksin degerlendirilmesi; proteomiks hakkında temel bilgilerin kazanması ve bu alanda elde edilen bilgilerin biyolojik bilimlerde gerçek hayatta kullanım alanlarını değerlendirebilmek
|
|
2- |
Proteomics alanında kullanılan temel enstrümanlar ve bunların güçlü ve zayıf yanlarını tartışabilir;1-D & 2-D geller, elektroforez ve kütle spectrofotometre temelli yaklaşımları degerlendirebilmek
|
|
3- |
Kütle spectrofotometrik yöntemlerin temellerini kavramak. İyonizsayon kaynakları, elektrosprey iyonizsayonu (EST) matrikse baglı lazer disasuasyon iyonizasyonu (MALDI), ve üçlü kuadropol (QQQ) teknolojilerini degerlendirebilmek
|
|
4- |
Protein çalışmalarında ve peptit ayrıştırmalarında rvers faz HPLC kullanımı; hacim ve kapasiteleri açısından mikro-LC ve nano-LC tekniklerinin degerlendirilmesi ve temel parametrelerini anlamak
|
|
5- |
Kalitattif ve kantitatif proteomiksin kavranması: şut-gan proteomiks (toplam ve alt proteome analizi), ifade temelli proteome analizinin (izotop baglı ve izotop baglı olmayan), ve in vivo proteome analizinin temellieri
|
|
6- |
Kompütatasyon (biyoinformatik); protein tanımlama ve analiz yöntemleri, yazılımlar, World Wide Web tabanlı proteom veri bankalarından yararlanma, network tabanlı data analizlerinin temellerini kavramak.
|
|
7- |
|
|
8- |
|
|
9- |
|
|
10- |
|
|
*Dersin program yeterliliklerine katkı seviyesi
|
|
1- |
Alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile geliştirebilir, derinleştirebilir ve alanına yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır
|
|
|
2- |
Biyoloji alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar
|
|
|
3- |
Yeni problemleri ve onların çözümleri için strateji planlarını tanıma ve analiz etme becerisi ile bu problemi tanıma aşamasından sonuç ve bulguların değerlendirilmesi ve taktir edilmesine kadar uygun teknik ve yöntemlerin seçilmesini de kapsayan planlama , tasarım ve pratik gözlemleri yürütme becerisine sahip olur
|
|
|
4- |
Laboratuvar ölçümleri ve arazi gözlemlerinden elde edilen verileri önemleri açısından yorumlayabilme ve teorilerle ilişkilendirme becerisine sahip olur
|
|
|
5- |
Çalışmalarının süreç ve sonuçlarını, o alandaki veya dışındaki ulusal ve uluslar arası ortamlarda sistematik ve açık bir şekilde yazılı ya da sözlü olarak etkin iletişim kurma becerisine sahip olur
|
|
|
6- |
Biyoloji alanı ile ilgili en az bir bilimsel makaleyi ulusal ve/veya uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak ve/veya özgün bir yapıt üreterek ya da yorumlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletir
|
|
|
7- |
Edindiği birikimi, özgün bakış açısı ve araştırma ile geliştirme, derinleştirme ve ülkesinin çıkarlarını koruyarak bilime özgün katkılar sağlayacak tanımlara ulaşır
|
|
|
8- |
Bireysel ve kollektif olarak, öğrendiği bilgileri uygulamaya aktarabilme ve sunabilme yeteneğine sahip olur ve alanı ile ilgili gerek laboratuvarda gerekse saha çalışmalarında yeterli tecrübe ve disiplin kazanır
|
|
|
9- |
Bilimsel çözümlerin ve uygulamaların, evrensel ve toplumsal boyutlardaki etkilerinin bilincinde olur; girişimcilik ve yenilikçilik konularının farkında olur. Biyoloji alanı ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların boyutlarını anlayabilme ve çözümüne katkıda bulunur
|
|
|
10- |
|
|
|
11- |
|
|
|
12- |
|
|
|
13- |
|
|
|
14- |
|
|
|
15- |
|
|
|
16- |
|
|
|
17- |
|
|
|
18- |
|
|
|
19- |
|
|
|
20- |
|
|
|
21- |
|
|
|
22- |
|
|
|
23- |
|
|
|
24- |
|
|
|
25- |
|
|
|
26- |
|
|
|
27- |
|
|
|
28- |
|
|
|
29- |
|
|
|
30- |
|
|
|
31- |
|
|
|
32- |
|
|
|
33- |
|
|
|
34- |
|
|
|
35- |
|
|
|
36- |
|
|
|
37- |
|
|
|
38- |
|
|
|
39- |
|
|
|
40- |
|
|
|
41- |
|
|
|
42- |
|
|
|
43- |
|
|
|
44- |
|
|
|
45- |
|
|
|
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder |
|
Planlanan öğretim faaliyetleri, öğretme metodları ve AKTS iş yükü
|
|
|
Sayısı
|
Süresi (saat)
|
Sayı*Süre (saat)
|
|
Yüz yüze eğitim
|
14
|
3
|
42
|
|
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)
|
14
|
4
|
56
|
|
Ödevler
|
2
|
6
|
12
|
|
Sunum / Seminer hazırlama
|
2
|
3
|
6
|
|
Kısa sınavlar
|
0
|
0
|
0
|
|
Ara sınavlara hazırlık
|
5
|
3
|
15
|
|
Ara sınavlar
|
1
|
2
|
2
|
|
Proje (Yarıyıl ödevi)
|
2
|
5
|
10
|
|
Laboratuvar
|
4
|
3
|
12
|
|
Arazi çalışması
|
0
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık
|
5
|
4
|
20
|
|
Yarıyıl sonu sınavı
|
1
|
2
|
2
|
|
Araştırma
|
2
|
6
|
12
|
|
Toplam iş yükü
|
|
|
189
|
|
AKTS
|
|
|
7.50
|
|
Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
|
|
Yarıyıl içi değerlendirme
|
Sayısı
|
Katkı Yüzdesi
|
|
Ara sınav
|
1
|
50
|
|
Kısa sınav
|
2
|
15
|
|
Ödev
|
2
|
35
|
|
Yarıyıl içi toplam
|
|
100
|
|
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı
|
|
40
|
|
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı
|
|
60
|
|
Genel toplam
|
|
100
|
|
Önerilen veya zorunlu okuma materyalleri
|
|
Ders kitabı
|
1) Liebler, D. C., Introduction to proteomics: tools for the new biology, 1st ed. Humana Press, 2002.
2) Rabilloud, T., Proteome research: two-dimentional gel electrophoresis and identification methods, 1st ed., Springer Verlag, 2000.
3) Walker, J. M. (ed) The protein protocols hendbook, 2nd ed. Humana Press, 2002.
4) Web based resources at BRENDA, ExPASy, EGGE, UniProt etc.
|
|
Yardımcı Kaynaklar
|
Dersi alan öğrencilere ilerleyen haftalık konuların ppt sunumları dersten bir hafta önce dağıtılmakta ve internet ortamından yararlanabilecekleri kaynaklar da temin edilmektedir.
|
|