| Dersin adı |
Dersin seviyesi |
Dersin kodu |
Dersin tipi |
Dersin dönemi |
Yerel kredi |
AKTS kredisi |
Ders bilgileri |
| PROTEIN METABOLISM |
Üçüncü düzey |
AGS 683 |
Seçmeli |
1 |
7.50 |
7.50 |
Yazdır |
|
Ön koşul dersleri
|
Yok
|
|
Eğitimin dili
|
İngilizce
|
|
Koordinatör
|
PROF. DR. SEMİH YILMAZ
|
|
Dersi veren öğretim eleman(lar)ı
|
Prof. Dr. Semih YILMAZ
|
|
Yardımcı öğretim eleman(lar)ı
|
Arş. Gör. Ahmet Enes URAY
|
|
Dersin veriliş şekli
|
Yüz yüze, interaktif eğitim
|
|
Dersin amacı
|
Bu ders hücrelerin metabolik işleyişi ile proteinlerin bağlantısını, protein domainlerinin görevini, mutasyonların etkisini ve termodinamik stabilitesini kavratmak amacıyla hazırlanmıştır.
|
|
Dersin tanımı
|
Ders temel olarak fonksiyonel protein gruplarının metabolik etkileri, protein katlanması, proteinlerin termodinamik stabilitesi, solvent ve termal denatürasyon konularına odaklanacaktır. Bu ders dinamik ve işlevsellik konusunda kavramsal ve pratik bir arka plan sağlayacaktır. Proteomik dünyasına daha kapsamlı bir giriş yapılmasına ve ayrıca proteomik çalışmaları yoluyla organizmaların biyolojik özelliklerine ilişkin önemli bilgiler sunacaktır.
|
|
1- |
Protein yapı stabilizasyonu
|
|
2- |
Protein yapısı, stabilitesi ve fonksiyonu arasındaki termodinamik ilişkiler
|
|
3- |
Protein katlanması-termodinamik ilişki
|
|
4- |
Protein katlanmasında hidrofobik-hidrofilik ilişkiler
|
|
5- |
Hidrojen değişimi-protein konformasyonel stabilitesi
|
|
6- |
Protein katlanması-konformasyonel entropi
|
|
7- |
Protein katlanması/denatürasyonu moleküler dinamikleri
|
|
8- |
ARA SINAV
|
|
9- |
Solvent, termal denatürasyon etkisi
|
|
10- |
Isı değişimi-stabilite kapasitesi
|
|
11- |
Yüzey mutasyonları
|
|
12- |
Bağlama bölgeleri termodinamik özellikleri
|
|
13- |
Prolin izomerizasyon etkisi
|
|
14- |
Fonksiyonel protein grupları
|
|
15- |
FİNAL SINAVI
|
|
16- |
|
|
17- |
|
|
18- |
|
|
19- |
|
|
20- |
|
|
1- |
Protein stabilitesi ve termodinamik ilişkiyi anlamak
|
|
2- |
Katlanmada termodinamik bağlantıları açıklamak
|
|
3- |
Hidrojen ekleme çıkarma ile konformasyonel stabilite bağlantısını açıklamak
|
|
4- |
Stabilitede hücre içi ve dışı solvent kondantrasyonu ve termal etkiyi açıklamak
|
|
5- |
Protein bağlanma bölgelerinde termodinamik etkiyi açıklamak
|
|
6- |
Metabolizmada fonksiyonel protein gruplarını açıklamak
|
|
7- |
|
|
8- |
|
|
9- |
|
|
10- |
|
|
*Dersin program yeterliliklerine katkı seviyesi
|
|
1- |
|
|
|
2- |
|
|
|
3- |
|
|
|
4- |
|
|
|
5- |
|
|
|
6- |
|
|
|
7- |
|
|
|
8- |
|
|
|
9- |
|
|
|
10- |
|
|
|
11- |
|
|
|
12- |
|
|
|
13- |
|
|
|
14- |
|
|
|
15- |
|
|
|
16- |
|
|
|
17- |
|
|
|
18- |
|
|
|
19- |
|
|
|
20- |
|
|
|
21- |
|
|
|
22- |
|
|
|
23- |
|
|
|
24- |
|
|
|
25- |
|
|
|
26- |
|
|
|
27- |
|
|
|
28- |
|
|
|
29- |
|
|
|
30- |
|
|
|
31- |
|
|
|
32- |
|
|
|
33- |
|
|
|
34- |
|
|
|
35- |
|
|
|
36- |
|
|
|
37- |
|
|
|
38- |
|
|
|
39- |
|
|
|
40- |
|
|
|
41- |
|
|
|
42- |
|
|
|
43- |
|
|
|
44- |
|
|
|
45- |
|
|
|
Yıldızların sayısı 1’den (en az) 5’e (en fazla) kadar katkı seviyesini ifade eder |
|
Planlanan öğretim faaliyetleri, öğretme metodları ve AKTS iş yükü
|
|
|
Sayısı
|
Süresi (saat)
|
Sayı*Süre (saat)
|
|
Yüz yüze eğitim
|
13
|
3
|
39
|
|
Sınıf dışı ders çalışma süresi (ön çalışma, pekiştirme)
|
5
|
7
|
35
|
|
Ödevler
|
3
|
20
|
60
|
|
Sunum / Seminer hazırlama
|
2
|
5
|
10
|
|
Kısa sınavlar
|
0
|
0
|
0
|
|
Ara sınavlara hazırlık
|
1
|
10
|
10
|
|
Ara sınavlar
|
1
|
3
|
3
|
|
Proje (Yarıyıl ödevi)
|
1
|
5
|
5
|
|
Laboratuvar
|
0
|
0
|
0
|
|
Arazi çalışması
|
0
|
0
|
0
|
|
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık
|
1
|
10
|
10
|
|
Yarıyıl sonu sınavı
|
1
|
3
|
3
|
|
Araştırma
|
1
|
10
|
10
|
|
Toplam iş yükü
|
|
|
185
|
|
AKTS
|
|
|
7.50
|
|
Değerlendirme yöntemleri ve kriterler
|
|
Yarıyıl içi değerlendirme
|
Sayısı
|
Katkı Yüzdesi
|
|
Ara sınav
|
1
|
30
|
|
Kısa sınav
|
0
|
0
|
|
Ödev
|
1
|
10
|
|
Yarıyıl içi toplam
|
|
40
|
|
Yarıyıl içi değerlendirmelerin başarıya katkı oranı
|
|
40
|
|
Yarıyıl sonu sınavının başarıya katkı oranı
|
|
60
|
|
Genel toplam
|
|
100
|
|
Önerilen veya zorunlu okuma materyalleri
|
|
Ders kitabı
|
Kenneth P. Murphy (auth.), Kenneth P. Murphy (eds.) - Protein Structure, Stability, and Folding-Humana Press (2001)
|
|
Yardımcı Kaynaklar
|
Johannes Buchner, Thomas Kiefhaber - Protein Folding Handbook. 5-volume set-Wiley-VCH (2005)
|
|